Honduras nimmt eine Fläche von 112.492 km² in Mittelamerika ein. Wie auf der physischen Karte von Honduras zu sehen ist, hat das Land drei große topographische Regionen. Es handelt sich um ein ausgedehntes Hochplateau im Landesinneren mit Hügeln und Bergen, die die Landschaft dominieren, das karibische Tiefland und das pazifische Tiefland, das den Golf von Fonseca umgibt.
Die bewaldeten Hügel im Landesinneren und die Sierra Madre werden von einer Reihe von Flüssen und weiten, fruchtbaren Tälern durchzogen, die von Sandstränden gesäumt werden. Der 2.870 m hohe Cerro Las Minas im Westen des Landes ist der höchste Punkt von Honduras.
Das karibische Tiefland erstreckt sich entlang der gesamten nördlichen Küstenlinie, und dort, im Nordosten, wie auf der Karte eingezeichnet, ist die Mosquito-Küste ein breiter unbewohnter Streifen dichten Dschungels, Lagunen und Mangrovensümpfe.
Das pazifische Tiefland umgibt den Golf von Fonseca, und auch dieses Land wird in Küstennähe etwas sumpfig. Das Land hat zahlreiche Buchten und Inseln im Karibischen Meer, darunter die Isla de la Bahia (Bay Islands), die winzigen Cayos Cocinos (Hog Islands) und die abgelegenen Swan Islands. Im Golf von Fonseca liegen einige längst erloschene Vulkaninseln, darunter Tigre und Zacate.
Honduras ist wasserreich; zu den wichtigsten Flüssen gehören der Aquan, der Coco, der Patuca, der Sico und der Ulua; der Yojoa-See ist der einzige bedeutende See, und die Caratasca-Lagune im Nordosten ist die größte von vielen Küstenlagunen.