Honduras zajmuje powierzchnię 112,492 km2 (43,433 sq. mi) w Ameryce Środkowej. Jak zaobserwowano na mapie fizycznej Hondurasu, kraj ma trzy główne regiony topograficzne. Są to: rozległy płaskowyż wewnętrzny ze wzgórzami i górami, które dominują w krajobrazie; Nizina Karaibska oraz Nizina Pacyficzna – przylegająca do Zatoki Fonseca.
Zalesione wewnętrzne wzgórza i góry Sierra Madre są poprzecinane dużą serią rzek i szerokimi, żyznymi dolinami; z przodu piaszczyste plaże. Cerro Las Minas o wysokości 2.870 m (9.420 stóp) położone w zachodniej części kraju jest najwyższym punktem Hondurasu.
Niziny Karaibskie rozciągają się wzdłuż całego północnego wybrzeża, a tam, na północnym wschodzie, jak zaznaczono na mapie, Wybrzeże Moskitów jest szerokim, niezamieszkałym pasmem gęstej dżungli, lagun i bagien namorzynowych.
Niziny Pacyfiku otaczają Zatokę Fonseca, i ta ziemia również staje się nieco bagnista w pobliżu wybrzeża. Kraj ten posiada liczne zatoki i wyspy na Morzu Karaibskim, w tym Isla de la Bahia (Wyspy Zatoki), maleńkie Cayos Cocinos (Wyspy Wieprza) i odległe Wyspy Łabędzie. Kilka dawno uśpionych wysp wulkanicznych znajduje się w Zatoce Fonseca, w tym Tigre i Zacate.
Honduras jest bogaty w wodę; najważniejsze rzeki to Aquan, Coco, Patuca, Sico i Ulua; jezioro Yojoa jest jedynym znaczącym jeziorem, a laguna Caratasca na północnym wschodzie jest największą z wielu przybrzeżnych lagun.
.