Honduras har en yta på 112 492 km2 i Centralamerika. Som observeras på den fysiska kartan över Honduras har landet tre stora topografiska regioner. Dessa är en vidsträckt inre platå med kullar och berg som dominerar landskapet, det karibiska låglandet och Stillahavslåglandet – som kantar Fonsecabukten.
De skogsbeklädda inre kullarna och Sierra Madrebergen genomkorsas av ett stort antal floder och breda, bördiga dalar som kantas av sandstränder. Den 2 870 m höga Cerro Las Minas som ligger i den västra delen av landet är Honduras högsta punkt.
De karibiska låglandsområdena sträcker sig längs hela den norra kusten, och där, i nordost, som markerats på kartan, är Mosquitokusten en bred obebodd sträcka med tät djungel, laguner och mangroveträsk.
Stillahavets lågland omger Fonsecabukten, och det landet blir också något sumpigt nära kusten. Landet har många vikar och öar i Karibiska havet, bland annat Isla de la Bahia (Bay Islands), de små Cayos Cocinos (Hog Islands) och de avlägsna Swan Islands. Några sedan länge vilande vulkanöar står i Fonseca-bukten, bland annat Tigre och Zacate.
Honduras är vattenrikt; de viktigaste floderna är Aquan, Coco, Patuca, Sico och Ulua; Yojoa-sjön är den enda betydande sjön, och Caratasca-lagunen i nordost är den största av många kustlaguner.