Honduras 112 492 km² területet foglal el Közép-Amerikában. Ahogy Honduras fizikai térképén megfigyelhető, az országnak három nagy topográfiai régiója van. Ezek egy hatalmas belső fennsík, ahol a dombok és hegyek uralják a tájat; a Karib-tengeri síkság és a Csendes-óceáni síkság, amely a Fonseca-öblöt szegélyezi.
A belső erdős hegyeket és a Sierra Madre-hegységet számos folyó és széles, termékeny völgyek szelik át; homokos tengerpartok szegélyezik. Az ország nyugati részén található, 2870 m magas Cerro Las Minas Honduras legmagasabb pontja.
A Karib-tengeri síkság az ország teljes északi partvidéke mentén húzódik, és ott, északkeleten, a térképen jelölt módon, a Mosquito Coast egy sűrű dzsungel, lagúnák és mangrovemocsarak széles, lakatlan szakasza.
A Csendes-óceáni síkságok a Fonseca-öblöt veszik körül, és ez a terület is kissé mocsárrá válik a part közelében. Az országnak számos öble és szigete van a Karib-tengerben, köztük az Isla de la Bahia (Bay Islands), az apró Cayos Cocinos (Hog Islands) és a távoli Hattyú-szigetek. A Fonseca-öbölben néhány régóta szunnyadó vulkanikus sziget áll, köztük Tigre és Zacate.
Honduras vízben gazdag; a legfontosabb folyók közé tartozik az Aquan, a Coco, a Patuca, a Sico és az Ulua; a Yojoa-tó az egyetlen jelentős tó, az északkeleti Caratasca-lagúna pedig a legnagyobb a sok part menti lagúna közül.