L’Honduras occupa una superficie di 112.492 km² (43.433 mi²) in America Centrale. Come si osserva sulla mappa fisica dell’Honduras, il paese ha tre grandi regioni topografiche. Queste sono un vasto altopiano interno di colline e montagne che dominano il paesaggio; le pianure caraibiche, e le pianure del Pacifico che circondano il Golfo di Fonseca.
Le colline boscose dell’interno e le montagne della Sierra Madre sono attraversate da una grande serie di fiumi e da ampie e fertili valli, con davanti spiagge sabbiose. Il Cerro Las Minas, alto 2.870 m, situato nella parte occidentale del paese, è il punto più alto dell’Honduras.
Le pianure caraibiche si estendono lungo tutta la sua costa settentrionale, e lì, a nord-est, come segnato sulla mappa, la Mosquito Coast è un ampio tratto disabitato di fitta giungla, lagune e paludi di mangrovie.
Le pianure del Pacifico circondano il Golfo di Fonseca, e anche questa terra diventa un po’ paludosa vicino alla costa. Il paese ha numerose baie e isole nel Mar dei Caraibi, tra cui Isla de la Bahia (Isole della Baia), le piccole Cayos Cocinos (Isole del Maiale) e le remote Isole dei Cigni. Alcune isole vulcaniche da tempo inattive si trovano nel Golfo di Fonseca, tra cui Tigre e Zacate.
L’Honduras è ricco d’acqua; i fiumi più importanti sono l’Aquan, il Coco, il Patuca, il Sico e l’Ulua; il lago Yojoa è l’unico lago significativo, e la laguna Caratasca nel nord-est è la più grande delle molte lagune costiere.