McCartney dijo: «Quería terminar con un pequeño pareado significativo, así que seguí al Bardo y escribí un pareado». En su entrevista de 1980 con Playboy, John Lennon reconoció la autoría de McCartney diciendo: «Ese es Paul de nuevo… Tenía una línea en ella, ‘Y al final, el amor que recibes es igual al amor que das’, que es una línea muy cósmica y filosófica. Lo que demuestra de nuevo que, si quiere, puede pensar». Lennon citó erróneamente la línea; las palabras reales son: «Y al final, el amor que tomas, es igual al amor que haces…»
La grabación comenzó el 23 de julio de 1969, cuando los Beatles grabaron una toma maestra de un minuto y treinta segundos que se amplió mediante sobregrabaciones a dos minutos y cinco segundos. En ese momento, la canción se llamaba «Ending». Las primeras voces de la canción se añadieron el 5 de agosto, otras voces y sobregrabaciones de guitarra se añadieron el 7 de agosto, y el bajo y la batería el 8 de agosto, el día en que se tomó la foto de la portada de Abbey Road. El 15 de agosto se añadieron los arreglos orquestales y el 18 de agosto el piano y las voces de acompañamiento.
Los cuatro Beatles tienen un solo en «The End», incluido un solo de batería de Ringo Starr. A Starr no le gustaban los solos, y prefería adaptar el trabajo de la batería a quien cantara en una determinada actuación. Su solo en «The End» se grabó con doce micrófonos alrededor de su batería; en su interpretación, dijo que copió parte de la batería de Ron Bushy en el tema de Iron Butterfly «In-A-Gadda-Da-Vida». La toma en la que Starr interpretó el solo tenía originalmente un acompañamiento de guitarra y pandereta, pero los demás instrumentos se silenciaron durante la mezcla, dando el efecto de un solo de batería.
McCartney, George Harrison y Lennon interpretan una secuencia rotativa de tres solos de guitarra de dos compases. La idea de un instrumental de guitarra sobre esta sección fue de Harrison, y Lennon sugirió que cada uno de los tres tocara una sección. Los solos comienzan aproximadamente a los 53 segundos de la canción. Geoff Emerick, el ingeniero de grabación de los Beatles, recordó más tarde: «John, Paul y George parecían haber retrocedido en el tiempo, como si fueran niños de nuevo, tocando juntos por puro placer. Más que nada, me recordaban a los pistoleros, con sus guitarras atadas, miradas de firmeza, decididos a superarse unos a otros. Sin embargo, no había animosidad ni tensión alguna, se notaba que simplemente se estaban divirtiendo»
Los dos primeros compases los toca McCartney, los dos segundos Harrison y los dos terceros Lennon, y luego se repite la secuencia. Cada uno tiene un estilo distintivo que, según McCartney, refleja sus personalidades. Inmediatamente después del tercer solo de Lennon, comienzan los acordes de piano de la línea final «And in the end…». A continuación, el arreglo de orquestación toma el relevo con un estribillo tarareado y Harrison tocando un último solo de guitarra que pone fin a la canción.
«The End» iba a ser inicialmente la última pista de Abbey Road, pero acabó siendo seguida por «Her Majesty». Aunque «The End» es la última grabación nueva conocida en la que participaron los cuatro miembros de los Beatles, una canción adicional, «I Me Mine», fue grabada por tres miembros del grupo (Lennon estuvo ausente debido a que se marchó de forma privada en septiembre de 1969) en enero de 1970 para el álbum Let It Be.
El álbum recopilatorio Anthology 3 de 1996 contiene una versión remezclada de «The End», que restablece la pandereta y las sobregrabaciones de guitarra mezcladas del original, y editadas para enfatizar los solos de guitarra y la sobregrabación orquestal. El tema va seguido de una variante del largo acorde de piano con el que termina «A Day in the Life», concluyendo así la compilación. El solo de batería se utilizó posteriormente al principio de «Get Back» en el álbum Love de 2006.