McCartney a déclaré : « Je voulais terminer par un petit couplet significatif, alors j’ai suivi le Barde et j’ai écrit un couplet. » Dans son interview de 1980 avec Playboy, John Lennon a reconnu la paternité de McCartney en disant : « C’est encore Paul […]. Il y avait une ligne, ‘Et à la fin, l’amour que vous recevez est égal à l’amour que vous donnez’, qui est une ligne très cosmique, philosophique. Ce qui prouve encore une fois que s’il le veut, il peut penser. » Lennon a mal cité la ligne ; les mots réels sont, « Et à la fin, l’amour que vous prenez, est égal à l’amour que vous faites… »
L’enregistrement a commencé le 23 juillet 1969, lorsque les Beatles ont enregistré une prise maîtresse d’une minute et trente secondes qui a été prolongée par des overdubs à deux minutes et cinq secondes. À ce stade, la chanson s’appelle « Ending ». Les premières voix de la chanson ont été ajoutées le 5 août, des voix supplémentaires et des overdubs de guitare ont été ajoutés le 7 août, et la basse et la batterie le 8 août, le jour où la photo de la pochette d’Abbey Road a été prise. Des overdubs d’orchestre ont été ajoutés le 15 août, et le piano de clôture et la voix d’accompagnement le 18 août.
Les quatre Beatles ont tous un solo dans « The End », y compris un solo de batterie de Ringo Starr. Starr n’aimait pas les solos, préférant adapter le travail de batterie à celui qui chantait dans une performance particulière. Son solo sur « The End » a été enregistré avec douze microphones autour de sa batterie ; dans son jeu, il a dit avoir copié une partie de la batterie de Ron Bushy sur le morceau « In-A-Gadda-Da-Vida » d’Iron Butterfly. La prise dans laquelle Starr a exécuté le solo avait à l’origine un accompagnement de guitare et de tambourin, mais les autres instruments ont été mis en sourdine lors du mixage, donnant l’effet d’un solo de batterie.
McCartney, George Harrison et Lennon exécutent une séquence tournante de trois solos de guitare de deux mesures. L’idée d’un instrumental de guitare sur cette section était celle de Harrison, et Lennon a suggéré qu’ils jouent tous les trois une section. Les solos commencent environ 53 secondes après le début de la chanson. Geoff Emerick, l’ingénieur du son des Beatles, se souviendra plus tard : « John, Paul et George avaient l’air d’avoir remonté le temps, d’être à nouveau des enfants, jouant ensemble pour le simple plaisir de jouer. Plus que tout, ils me faisaient penser à des bandits armés, avec leurs guitares attachées, leurs regards résolus, déterminés à se surpasser les uns les autres. Pourtant, il n’y avait aucune animosité, aucune tension – on voyait qu’ils s’amusaient tout simplement. »
Les deux premières mesures sont jouées par McCartney, les deux suivantes par Harrison, et les deux dernières par Lennon, puis la séquence se répète. Chacun a un style distinctif qui, selon McCartney, reflète leur personnalité. Immédiatement après le troisième solo de Lennon, les accords de piano de la ligne finale « And in the end … » commencent. Puis l’arrangement d’orchestration prend le relais avec un refrain fredonné et Harrison jouant un solo de guitare final qui termine la chanson.
« The End » devait initialement être le dernier morceau d’Abbey Road, mais il a finalement été suivi par « Her Majesty ». Bien que « The End » se présente comme le dernier nouvel enregistrement connu impliquant les quatre membres des Beatles, une chanson supplémentaire, « I Me Mine », a été enregistrée par trois membres du groupe (Lennon étant absent en raison de son départ privé en septembre 1969) en janvier 1970 pour l’album Let It Be.
L’album compilation Anthology 3 de 1996 contient une version remixée de « The End », rétablissant les overdubs de tambourin et de guitare mixés hors de l’original, et édité pour mettre l’accent sur les solos de guitare et l’overdub orchestral. Le morceau est suivi d’une variante du long accord de piano qui termine « A Day in the Life », concluant ainsi la compilation. Le solo de batterie a été utilisé plus tard au début de « Get Back » sur l’album Love de 2006.