Según la definición tradicional, la Garra rufa es nativa de Turquía, Siria, Jordania, Israel, Palestina, Irak e Irán. Algunos de los principales sistemas donde se encuentra son las cuencas de los ríos Kızıl, Seyhan, Ceyhan, Orontes, Queiq, Jordania, Tigris-Eufrates, Kor y Mond, pero la especie también habita en otras cuencas fluviales costeras del Levante e Irán, así como en el sistema endorreico del lago Maharlu. Vive en ríos, arroyos, canales, embalses, estanques y lagos, aunque tiende a evitar las aguas estancadas. A menudo es común o abundante, incluso en zonas muy influenciadas por el hombre, como los canales contaminados.
La taxonomía de esta especie ha sido etiquetada con incertidumbre. Tal y como se ha definido tradicionalmente (sensu lato), existen algunas variaciones morfológicas a lo largo de su relativamente extensa área de distribución y desde hace varios años se reconoce que probablemente se trate de un complejo de especies. Se han descrito varias subespecies, pero su validez es cuestionable y en las últimas décadas las autoridades generalmente no las han reconocido. No obstante, las revisiones publicadas desde 2014 han aportado evidencias genéticas y morfológicas para reconocer algunas de ellas como especies separadas, mientras que otras especies nuevas se han descrito a partir del complejo de especies. Esto incluye a G. turcica (anteriormente una subespecie) de su área de distribución turca, excepto el sistema Tigris-Eufrates, G. jordanica (nueva especie) del norte de la cuenca del Mar Muerto, incluido el río Jordán, en Israel, Jordania y Siria, G. gymnothorax (anteriormente una subespecie) de los sistemas Karun, Balarud y Bashar en Irán, G. mondica (nueva especie) de la cuenca del río Mond en Irán, y G. amirhosseini (nueva especie) del manantial Sartang-e-Bijar en el sistema del río Tigris en Irán. G. jordanica y G. turcica tienen áreas de distribución totalmente separadas de la verdadera G. rufa (lo que limita su área de distribución al sistema Tigris-Eufrates y a los sistemas fluviales de Irán), pero las otras se solapan en su área de distribución con la verdadera G. rufa o al menos se dan en las mismas cuencas fluviales.
Otros miembros del complejo G. rufa son G. barreimiae, G. elegans, G. ghorensis, G. longipinnis, G. nana, G. persica, G. rossica y G. sahilia, pero estos fueron generalmente reconocidos como especies válidas hace muchos años. Por último, el complejo incluye cuatro peces de cueva: G. lorestanensis, G. tashanensis, G. typhlops y G. widdowsoni.