Allel, auch Allelomorph genannt, eines von zwei oder mehr Genen, die alternativ an einem bestimmten Ort (Locus) auf einem Chromosom auftreten können. Allele können paarweise auftreten, oder es können mehrere Allele vorhanden sein, die die Ausprägung (den Phänotyp) eines bestimmten Merkmals beeinflussen. Die Kombination der Allele, die ein Organismus trägt, bildet seinen Genotyp. Wenn die gepaarten Allele gleich sind, wird der Genotyp des Organismus als homozygot für das betreffende Merkmal bezeichnet; sind sie unterschiedlich, ist der Genotyp des Organismus heterozygot. Bei einer heterozygoten Paarung hat ein dominantes Allel Vorrang vor den Merkmalen eines rezessiven Allels. Bei einigen Merkmalen können die Allele jedoch kodominant sein, d. h. keines von ihnen wirkt dominant oder rezessiv. Ein Beispiel ist das menschliche ABO-Blutgruppensystem; Personen mit der Blutgruppe AB haben ein Allel für A und eines für B. (Personen mit keinem der beiden Allele haben die Blutgruppe O.)
Die meisten Merkmale werden durch mehr als zwei Allele bestimmt. Es kann mehrere Formen des Allels geben, aber nur zwei werden sich während der Meiose an den vorgesehenen Genort anlagern. Außerdem werden einige Merkmale durch zwei oder mehr Genorte kontrolliert. Beide Möglichkeiten vervielfachen die Anzahl der beteiligten Allele. Alle genetischen Merkmale sind das Ergebnis der Interaktion von Allelen. Mutation, Kreuzung und Umweltbedingungen verändern selektiv die Häufigkeit von Phänotypen (und damit deren Allele) innerhalb einer Population. So haben beispielsweise Allele, die von Individuen mit hoher Fitness getragen werden (d. h. sie pflanzen sich erfolgreich fort und geben ihre Gene an ihre Nachkommen weiter), eine höhere Wahrscheinlichkeit, in einer Population zu verbleiben, als Allele, die von weniger fitten Individuen getragen werden, die im Laufe der Zeit aus der Population verschwinden.