Allele, chiamato anche allelomorfo, uno dei due o più geni che possono presentarsi alternativamente in un dato sito (locus) su un cromosoma. Gli alleli possono presentarsi in coppia, o ci possono essere più alleli che influenzano l’espressione (fenotipo) di un particolare tratto. La combinazione di alleli che un organismo porta costituisce il suo genotipo. Se gli alleli accoppiati sono gli stessi, il genotipo dell’organismo è detto omozigote per quel tratto; se sono diversi, il genotipo dell’organismo è eterozigote. Un allele dominante prevarrà sui tratti di un allele recessivo in un accoppiamento eterozigote. In alcuni tratti, tuttavia, gli alleli possono essere codominanti, cioè nessuno dei due agisce come dominante o recessivo. Un esempio è il sistema del gruppo sanguigno umano ABO; le persone con sangue di tipo AB hanno un allele per A e uno per B. (Le persone con nessuno dei due sono di tipo O.)
La maggior parte dei tratti sono determinati da più di due alleli. Possono esistere forme multiple dell’allele, anche se solo due si attaccheranno al sito del gene designato durante la meiosi. Inoltre, alcuni tratti sono controllati da due o più siti genici. Entrambe le possibilità moltiplicano il numero di alleli coinvolti. Tutti i tratti genetici sono il risultato delle interazioni degli alleli. La mutazione, il crossing over e le condizioni ambientali cambiano selettivamente la frequenza dei fenotipi (e quindi i loro alleli) all’interno di una popolazione. Per esempio, gli alleli che sono portati da individui con un’alta fitness (cioè che si riproducono con successo e passano i loro geni alla loro prole) hanno una maggiore probabilità di persistere in una popolazione rispetto agli alleli portati da individui meno adatti, che vengono gradualmente persi dalla popolazione nel tempo.