Allel, ook wel allelomorf genoemd, een van twee of meer genen die alternerend kunnen voorkomen op een bepaalde plaats (locus) op een chromosoom. Allelen kunnen paarsgewijs voorkomen, of er kunnen meerdere allelen zijn die de expressie (het fenotype) van een bepaalde eigenschap beïnvloeden. De combinatie van allelen die een organisme draagt, vormt zijn genotype. Als de gepaarde allelen dezelfde zijn, is het genotype van het organisme homozygoot voor die eigenschap; als ze verschillend zijn, is het genotype van het organisme heterozygoot. Een dominant allel zal de eigenschappen van een recessief allel in een heterozygote paring overstemmen. Bij sommige eigenschappen kunnen allelen echter codominant zijn, d.w.z. dat geen van beide dominant of recessief is. Een voorbeeld is het menselijke ABO bloedgroepensysteem; personen met bloedgroep AB hebben één allel voor A en één voor B. (Personen met geen van beide hebben bloedgroep O.)
De meeste eigenschappen worden bepaald door meer dan twee allelen. Er kunnen meerdere vormen van het allel bestaan, maar slechts twee zullen zich tijdens de meiose aan de aangewezen genplaats hechten. Ook worden sommige eigenschappen gecontroleerd door twee of meer genenplaatsen. Beide mogelijkheden vermenigvuldigen het aantal betrokken allelen. Alle genetische eigenschappen zijn het resultaat van de interacties van allelen. Mutatie, kruising en milieuomstandigheden veranderen selectief de frequentie van fenotypen (en dus hun allelen) binnen een populatie. Zo hebben allelen die gedragen worden door individuen met een hoge fitheid (d.w.z. die zich met succes voortplanten en hun genen doorgeven aan hun nakomelingen) een grotere kans om in een populatie te blijven bestaan dan allelen die gedragen worden door minder fitte individuen, die na verloop van tijd geleidelijk uit de populatie verdwijnen.