Allel, også kaldet allelomorph, et af to eller flere gener, der kan forekomme alternativt på et givet sted (locus) på et kromosom. Alleler kan forekomme parvis, eller der kan være flere alleler, der påvirker udtrykket (fænotypen) af en bestemt egenskab. Den kombination af alleler, som en organisme er bærer af, udgør dens genotype. Hvis de parvise alleler er de samme, siges organismens genotype at være homozygot for den pågældende egenskab; hvis de er forskellige, er organismens genotype heterozygot. En dominerende allel vil tilsidesætte de træk, som en recessiv allel har i et heterozygot par. I nogle træk kan alleler imidlertid være kodominante, dvs. at ingen af dem fungerer som dominerende eller recessivt. Et eksempel er det menneskelige ABO-blodgruppesystem; personer med blodtype AB har en allel for A og en for B. (Personer med ingen af delene er type O.)
De fleste egenskaber er bestemt af mere end to alleler. Der kan eksistere flere former af allelen, selv om kun to vil knytte sig til det udpegede gensted under meiosen. Nogle egenskaber kontrolleres også af to eller flere gensteder. Begge muligheder gør, at antallet af alleler, der er involveret, bliver mangedoblet. Alle genetiske egenskaber er et resultat af interaktioner mellem alleler. Mutationer, krydsninger og miljøforhold ændrer selektivt hyppigheden af fænotyper (og dermed deres alleler) i en population. For eksempel har alleler, der bæres af individer med høj fitness (hvilket betyder, at de formår at reproducere sig og videregive deres gener til deres afkom), større sandsynlighed for at bestå i en population end alleler, der bæres af individer med mindre fitness, som gradvist forsvinder fra populationen over tid.