Allel, även kallad allelomorf, en av två eller flera gener som kan förekomma alternativt på en given plats (locus) på en kromosom. Alleler kan förekomma parvis, eller så kan det finnas flera alleler som påverkar uttrycket (fenotypen) för en viss egenskap. Den kombination av alleler som en organism bär på utgör dess genotyp. Om de parvisa allelerna är desamma sägs organismens genotyp vara homozygot för den egenskapen; om de är olika är organismens genotyp heterozygot. En dominant allel åsidosätter egenskaperna hos en recessiv allel i ett heterozygot par. För vissa egenskaper kan dock alleler vara kodominanta, dvs. ingen av dem är dominant eller recessiv. Ett exempel är människans ABO-blodgruppssystem; personer med blodgrupp AB har en allel för A och en för B. (Personer med ingetdera har blodgrupp O.)
De flesta egenskaper bestäms av mer än två alleler. Flera former av allelen kan finnas, även om endast två kommer att fästa vid den utsedda genplatsen under meiosen. Dessutom styrs vissa egenskaper av två eller flera genplatser. Båda möjligheterna multiplicerar antalet inblandade alleler. Alla genetiska egenskaper är resultatet av allelernas samverkan. Mutationer, korsningar och miljöförhållanden förändrar selektivt frekvensen av fenotyper (och därmed deras alleler) inom en population. Alleler som bärs av individer med hög fitness (vilket innebär att de lyckas reproducera sig och föra sina gener vidare till sina avkommor) har till exempel större sannolikhet att bestå i en population än alleler som bärs av individer med sämre fitness, vilka successivt försvinner från populationen med tiden.