Legal Troubles
I 2002 udgav Kelly og Jay-Z det fælles album The Best of Both Worlds. Pladen blev dog overskygget af Kellys påståede involvering i en sexskandale. En video, der angiveligt viste Kelly have sex med en mindreårig pige, blev givet til en journalist, som overdrog båndet til politiet. Kelly hævdede, at han var uskyldig.
I juni 2002 blev Kelly anklaget for 21 anklagepunkter for kriminelle handlinger i forbindelse med børnepornografi i Illinois. Han blev anklaget igen i Florida det følgende år for lignende anklager, men disse blev senere droppet.
På trods af skandalerne havde Kelly stadig stor kommerciel succes. Hans album Happy People/U Saved Me fra 2004 solgte mere end 2 millioner eksemplarer, og han introducerede sin berømte relaterede sangserie, Trapped in the Closet, på pladen TP.3 Reloaded i 2005. Derudover forblev han en efterspurgt samarbejdspartner og arbejdede bl.a. sammen med Snoop Dogg og Ja Rule.
Kelly blev endelig stillet for retten i maj 2008. På dette tidspunkt var flere af anklagerne mod ham blevet droppet. Derefter nægtede den unge kvinde, som angiveligt optrådte i videoen, at vidne, og flere af hendes familiemedlemmer erklærede, at det ikke var hende i videoen. Efter flere ugers vidneudsagn konkluderede juryen, at Kelly ikke var skyldig i alle 14 anklager mod ham.
Back in the Studio and Autobiography
Selv om R. Kelly ikke længere var den førende stjerne, han engang var, fortsatte han med at skabe ny musik og optræde live. Han udgav Write Me Back i 2012, som følger i fodsporene på stjerner som Marvin Gaye og Teddy Pendergrass.
Samme år udgav Kelly en selvbiografi, Soulacoaster: The Diary of Me. Kelly forklarede sin grund til at skrive bogen på sin hjemmeside og skrev, at han “følte, at det var på tide, at de mødte Robert, mors dreng, Robert broren, Robert faderen og mest af alt Robert personen.”
Kelly leverede sit næste album, Black Panties, i 2013, og fulgte op med The Buffet to år senere. I 2016 udgav han et album med feriestandarder, 12 Nights of Christmas.
Mere beskyldninger om seksuelt misbrug
I 2018 kom Kelly igen i søgelyset på grund af sine personlige anliggender med udgivelsen af BBC-dokumentaren R. Kelly: Sex, Girls and Videotapes. Dokumentaren viste en af Kellys tidligere kærester, der hævdede, at sangeren “groomed” hende til at have sex med andre kvinder, hvoraf en af dem var så ung som 14 år.
I april trådte endnu en ung kvinde frem med beskyldninger mod Kelly. Ifølge hendes advokat indledte kvinden et otte måneder langt forhold til sangeren i juni 2017 i en alder af 19 år, hvor han smittede hende med en kønssygdom og forsøgte at indlemme hende i sin omgangskreds af sexpartnere. Det påståede offer havde allerede indgivet en klage til Dallas Police Department og forberedte sig på at ramme Kelly med en føderal civil klage.
Sidst på måneden landede Kelly i sigtekornet på Time’s Up, en organisation oprettet af indflydelsesrige kunstnere og ledere for at beskytte ofre for seksuel chikane. Organisationen offentliggjorde et åbent brev, der krævede “passende undersøgelser og undersøgelser af de påstande om R. Kellys misbrug, der er fremsat af farvede kvinder og deres familier i over to årtier nu”, og opfordrede virksomheder som RCA, Spotify, Apple og Ticketmaster til at afbryde deres professionelle bånd til ham.
I maj 2018 slettede Spotify R. Kelly. Kelly fra alle playlister på grund af deres nye politik for hadsk indhold & Hateful Conduct Policy for at “være i overensstemmelse med vores forskellige roller inden for musik og medier.”
Dokumentarfilm og anholdelse
I januar 2019 sendte Lifetime en dokumentarfilm i seks dele, Surviving R. Kelly, som udforskede beskyldningerne mod ham gennem årene gennem interviews med kærester og samarbejdspartnere.
Kort tid efter droppede RCA den kontroversielle sanger fra sit label. I februar afslørede advokat Michael Avenatti, at han havde leveret et videobånd til myndighederne, som angiveligt viste Kelly involveret i seksuelle aktiviteter med en mindreårig pige.
Den 22. februar, en dag efter at yderligere to kvinder stod frem med beskyldninger, blev Kelly formelt anklaget for 10 anklager om groft seksuelt misbrug i Cook County, Illinois. Han meldte sig selv til politiet i Chicago samme aften og forlod fængslet tre dage senere efter at have betalt en kaution på 100.000 dollars.
Kelly dukkede op til et stærkt belastet interview med Gayle King fra CBS This Morning den 5. marts, hvor han på et tidspunkt stod og skreg til kameraet og græd, mens han erklærede sin uskyld. Han afviste også tanken om at holde kvinder mod deres vilje i en sexkult og sagde, at de to unge kvinder, der boede hos ham, blev “udleveret” af deres forældre.
Kunstneren blev igen anholdt i juli 2019, denne gang på grund af en række føderale anklager, der omfattede sexhandel og produktion af børnepornografi.
I januar 2020 leverede Lifetime Surviving R. Kelly Part II: The Reckoning. Sammen med yderligere interviews med Kellys påståede ofre undersøgte denne serie de trusler og den stress, som de kvinder, der udtalte sig mod sangeren i den foregående dokumentarfilm, havde været udsat for.