ホンジュラスは中央アメリカの112,492平方キロメートル（4343平方マイル）の面積を占めています。 ホンジュラスの物理的な地図で観察されるように、この国は3つの主要な地形的な地域を持っています。 ホンジュラスには、丘や山が連なる広大な高原地帯、カリブ海の低地、そしてフォンセカ湾に面した太平洋の低地という3つの地形があります。
森林に覆われた内陸部の丘陵とシエラ・マドレ山地には、多くの川が流れ、広く肥沃な渓谷があり、砂浜に面している。
カリブ海の低地は北部の海岸線全体に広がっており、北東部には地図に記されているように、濃いジャングル、ラグーン、マングローブの湿地が広がる無人のモスキート・コーストがある。
フォンセカ湾を囲むように太平洋の低地があり、その土地も海岸近くではやや湿地帯となる。 カリブ海には、ベイ諸島（Isla de la Bahia）、小さなホッグ諸島（Cayos Cocinos）、スワン諸島（Swan Islands）など、数多くの小島や島がある。 フォンセカ湾にはティグレ島やサカテ島など、長く休んでいた火山島がいくつか立っている。
ホンジュラスは水が豊富で、最も重要な河川はアクアン、ココ、パトゥカ、シコ、ウルアなど。ヨホア湖は唯一の重要な湖で、北東部のカラタスカ・ラグーンは多くの沿岸ラグーンの中で最大のラグーンである。