Problemas legales
En 2002, Kelly y Jay-Z publicaron el álbum en colaboración The Best of Both Worlds. Sin embargo, el disco se vio ensombrecido por la supuesta implicación de Kelly en un escándalo sexual. Un vídeo que supuestamente mostraba a Kelly manteniendo relaciones sexuales con una menor de edad fue entregado a un periodista, que entregó la cinta a la policía. Kelly afirmó que era inocente.
En junio de 2002, Kelly fue acusado de 21 delitos relacionados con la pornografía infantil en Illinois. Al año siguiente se le acusó de nuevo en Florida por cargos similares, pero posteriormente se retiraron.
A pesar de los escándalos, Kelly siguió teniendo un gran éxito comercial. Su álbum de 2004 Happy People/U Saved Me vendió más de 2 millones de copias, y presentó su famosa serie de canciones relacionadas, Trapped in the Closet, en el disco TP.3 Reloaded en 2005. Además, siguió siendo un colaborador muy solicitado, trabajando con Snoop Dogg y Ja Rule, entre otros.
Kelly fue finalmente juzgado en mayo de 2008. Para entonces, se habían retirado varios de los cargos contra él. Entonces, la joven que supuestamente aparecía en el vídeo se negó a testificar, y varios de sus familiares declararon que no era ella la que aparecía en el vídeo. Tras varias semanas de testimonios, el jurado concluyó que Kelly era inocente de los 14 cargos que se le imputaban.
Vuelta al estudio y autobiografía
Aunque ya no es la estrella principal que fue, R. Kelly siguió creando nueva música y actuando en directo. Lanzó Write Me Back en 2012, que sigue los pasos de estrellas como Marvin Gaye y Teddy Pendergrass.
Ese mismo año, Kelly publicó una autobiografía, Soulacoaster: The Diary of Me. Kelly explicó su razón para escribir el libro en su sitio web, escribiendo que «sentía que era hora de que conocieran a Robert, el niño de mamá, Robert el hermano, Robert el padre y, sobre todo, Robert la persona».
Kelly entregó su siguiente álbum, Black Panties, en 2013, y siguió con The Buffet dos años después. En 2016, sacó un álbum de estándares navideños, 12 Nights of Christmas.
Más acusaciones de abuso sexual
En 2018, Kelly se encontró de nuevo en agua caliente por sus asuntos personales con el lanzamiento del documental de la BBC R. Kelly: Sex, Girls and Videotapes. El doc presentaba a una ex novia de Kelly afirmando que el cantante la «preparaba» para tener sexo con otras féminas, una de las cuales tenía tan solo 14 años.
En abril, otra joven dio un paso al frente con acusaciones contra Kelly. Según su abogado, la mujer comenzó una relación de ocho meses con el cantante en junio de 2017, a los 19 años, durante la cual él la infectó con una enfermedad de transmisión sexual y trató de incorporarla a su séquito de parejas sexuales. La supuesta víctima ya había presentado una denuncia ante el Departamento de Policía de Dallas y se preparaba para golpear a Kelly con una demanda civil federal.
Más tarde, ese mismo mes, Kelly aterrizó en el punto de mira de Time’s Up, una organización creada por artistas y ejecutivos influyentes para proteger a las víctimas de acoso sexual. La organización publicó una carta abierta en la que exigía «investigaciones e indagaciones apropiadas sobre las acusaciones de abuso de R. Kelly realizadas por mujeres de color y sus familias desde hace más de dos décadas» y pedía a empresas como RCA, Spotify, Apple y Ticketmaster que cortaran sus vínculos profesionales con él.
En mayo de 2018, Spotify borró a R. Kelly de todas las listas de reproducción debido a su nueva Política de Conducta de Odio & para «ser coherentes con nuestras distintas funciones en la música y los medios de comunicación».
Documentales y Arresto
En enero de 2019, Lifetime emitió un documental de seis partes, Surviving R. Kelly, que exploraba las acusaciones contra él a lo largo de los años a través de entrevistas con novias y socios.
Poco después, RCA dio de baja al polémico cantante de su discográfica. En febrero, el abogado Michael Avenatti reveló que había proporcionado una cinta de vídeo a las autoridades en la que supuestamente se veía a Kelly realizando actividades sexuales con una menor de edad.
El 22 de febrero, un día después de que otras dos mujeres dieran un paso adelante con sus acusaciones, Kelly fue acusado formalmente de 10 cargos de abuso sexual criminal agravado en el condado de Cook, Illinois. Se entregó a la policía de Chicago esa misma noche y salió de la cárcel tres días más tarde tras pagar la fianza de 100.000 dólares.
Kelly apareció en una entrevista muy cargada con Gayle King de CBS This Morning el 5 de marzo, y en un momento dado se quedó parado, gritando a la cámara y llorando mientras proclamaba su inocencia. También rechazó la idea de retener a las mujeres contra su voluntad en una secta sexual, diciendo que las dos jóvenes que vivían con él fueron «entregadas» por sus padres.
El artista fue detenido de nuevo en julio de 2019, esta vez por una serie de cargos federales que incluían el tráfico sexual y la producción de pornografía infantil.
En enero de 2020, Lifetime emitió Surviving R. Kelly Part II: The Reckoning. Además de ofrecer entrevistas adicionales con las presuntas víctimas de Kelly, esta serie examinó las amenazas y el estrés que sufrieron las mujeres que denunciaron al cantante en el documental anterior.