Alelo, también llamado alelomorfo, cualquiera de los dos o más genes que pueden ocurrir alternativamente en un sitio determinado (locus) en un cromosoma. Los alelos pueden presentarse en pares, o puede haber múltiples alelos que afecten a la expresión (fenotipo) de un determinado rasgo. La combinación de alelos que lleva un organismo constituye su genotipo. Si los alelos emparejados son iguales, se dice que el genotipo del organismo es homocigótico para ese rasgo; si son diferentes, el genotipo del organismo es heterocigótico. Un alelo dominante anulará los rasgos de un alelo recesivo en un emparejamiento heterocigoto. En algunos rasgos, sin embargo, los alelos pueden ser codominantes, es decir, ninguno actúa como dominante o recesivo. Un ejemplo es el sistema del grupo sanguíneo ABO humano; las personas con sangre del tipo AB tienen un alelo para el A y otro para el B. (Las personas que no tienen ninguno de los dos son del tipo O.)
La mayoría de los rasgos están determinados por más de dos alelos. Pueden existir múltiples formas del alelo, aunque sólo dos se unirán al sitio del gen designado durante la meiosis. Además, algunos rasgos están controlados por dos o más sitios genéticos. Ambas posibilidades multiplican el número de alelos implicados. Todos los rasgos genéticos son el resultado de las interacciones de los alelos. Las mutaciones, los cruces y las condiciones ambientales cambian selectivamente la frecuencia de los fenotipos (y, por tanto, de sus alelos) en una población. Por ejemplo, los alelos que portan los individuos con una alta aptitud (lo que significa que se reproducen con éxito y transmiten sus genes a su descendencia) tienen una mayor probabilidad de persistir en una población que los alelos que portan los individuos menos aptos, que se pierden gradualmente de la población con el tiempo.