Braugher első filmszerepe az 1989-es Glory című filmben volt, mint Thomas Searles, egy szabad, tanult északi fekete férfi, aki csatlakozik az Unió hadseregének első fekete ezredéhez. Ő játszotta Kojak segédjét az ABC ABC 1980-as évek végi tévéfilmjében, a Kojak felújításában. Ezt követően a Gyilkosságiak című televíziós sorozatban kapott szerepet: Life on the Street (Élet az utcán) című sorozatban Frank Pembleton nyomozót, az önelégült, tüzes, hajthatatlan, jezsuita nevelésű rendőrnyomozót. Kyle Secorral (aki Tim Bayliss nyomozót alakította) szemben játszva Braugher a sorozat áttörő sztárja lett. 1997-ben és 1998-ban a Television Critics Association díját kapta a drámában nyújtott egyéni teljesítményéért. 1996-ban és 1998-ban Primetime Emmy-díjra jelölték egy drámai sorozat kiemelkedő főszereplője kategóriában, és az utóbbi évben meg is nyerte. A hatodik évad után elhagyta a gyilkossági csoportot, de visszatért az újraegyesítő tévéfilmhez. Szerepelt az Angyalok városa, a Frequency és a Poseidon című filmekben is. 1997-ben a People beválasztotta a “Világ 50 legszebb embere” közé.
A New York-i Central Parkban lévő Delacorte Színház Shakespeare in the Park sorozatának részeként Braugher játszotta a címszerepet az V. Henrik 1996-os előadásában, amiért Obie-díjat kapott. 2000-ben Ben Gideon címszerepét játszotta a Gideon’s Crossing című sorozatban, amely egy évadon át tartott. 2002-ben Braugher volt a PBS által sugárzott, díjnyertes Muhammad című dokumentumfilm narrátora: Legacy of a Prophet, amelyet a Unity Productions Foundation készített és nemrégiben újra kiadtak. Braugher a PBS számára az Emmett Till meggyilkolása című film narrátora is volt. 2002 és 2004 között Marcellus Washington nyomozót alakította a Hack című tévésorozatban. 2006-ban Braugher játszotta Nick Atwater szerepét az FX Networks Thief című minisorozatában, és alakításáért elnyerte a második Emmy-díjat. Ő alakította Hager tábornokot a 2007-es Fantasztikus négyes című filmben: Rise of the Silver Surfer.
Braugher szerepelt a House, M.D. című sorozatban, mint Dr. Darryl Nolan, egy pszichiáter, aki segít House-nak felépülni a Vicodin függőségéből. Szerepelt a TNT Men of a Certain Age című sorozatában is, amiért kétszer is jelölték Primetime Emmy-díjra, mint Kiváló mellékszereplő drámai sorozatban. A Superman/Batman: Apokalipszis című animációs filmben Darkseid gonosztevő hangját is ő adta. Braugher társszereplője volt a Manhattan Theatre Club The Whipping Man című off-Broadway előadásának, amely 2011 januárjától márciusáig volt műsoron. 2006 és 2010 között ő volt az NBC-n az olimpiai játékok bevezetőjének narrátora, James Earl Jones utódjaként. Braugher James Patterson Alex Cross könyve, a Cross Fire (2010) narrátora is volt.
Visszatérő szerepe van Bayard Ellis védőügyvédként a Law & Order című sorozatban: Special Victims Unit című sorozatban, és szerepelt a főszereplő Marcus Chaplin kapitány szerepében az ABC katonai drámasorozatában, a Last Resortban. Braugher szintén visszatérő szerepet kapott a Netflix BoJack Horseman című animációs sorozatának 4. évadában, mint California Gov. Woodchuck Coodchuck-Berkowitz. Jelenleg a Brooklyn Nine-Nine című Golden Globe-díjas tévésorozatban játszik Raymond Holt rendőrkapitány szerepében, amiért négyszer jelölték Primetime Emmy-díjra a vígjátéksorozat kiemelkedő mellékszereplője kategóriában.