Pierwsza rola filmowa Braughera była w filmie Glory z 1989 roku jako Thomas Searles, wolny, wykształcony czarny człowiek z Północy, który dołącza do pierwszego czarnego pułku w armii Unii. W późnych latach 80. zagrał pomocnika Kojaka w odrodzeniu filmu Kojak w telewizji ABC. Później przeniósł się do roli w serialu telewizyjnym Homicide: Life on the Street jako detektyw Frank Pembleton, zadufany w sobie, ognisty, nieugięty, wykształcony przez jezuitów detektyw policyjny. Grając naprzeciwko Kyle’a Secora (który wcielił się w postać detektywa Tima Baylissa), Braugher stał się wschodzącą gwiazdą serialu. Otrzymał nagrody Stowarzyszenia Krytyków Telewizyjnych za indywidualne osiągnięcia w dziedzinie dramatu w 1997 i 1998 roku. Był nominowany do Primetime Emmy Award dla wybitnego aktora pierwszoplanowego w serialu dramatycznym w 1996 i 1998 roku, wygrywając w tym ostatnim roku. Odszedł z serialu po jego szóstym sezonie, ale powrócił w filmie telewizyjnym. Wystąpił również w filmach Miasto Aniołów, Częstotliwość i Posejdon. W 1997 roku został wybrany przez People jako jeden z „50 najpiękniejszych ludzi na świecie”.
Jako część serii Shakespeare in the Park w Delacorte Theater w nowojorskim Central Parku, Braugher zagrał tytułową rolę w produkcji Henryka V z 1996 roku, za którą otrzymał nagrodę Obie Award. W 2000 roku wcielił się w tytułową rolę Bena Gideona w serialu Gideon’s Crossing, który trwał jeden sezon. W 2002 roku Braugher poprowadził narrację w wielokrotnie nagradzanym, emitowanym przez PBS filmie dokumentalnym Muhammad: Legacy of a Prophet, wyprodukowany przez Unity Productions Foundation i niedawno ponownie wydany. Braugher był również narratorem filmu The Murder of Emmett Till dla PBS. W latach 2002-2004 grał detektywa Marcellusa Washingtona w serialu telewizyjnym Hack. W 2006 roku Braugher wystąpił w roli Nicka Atwatera w mini-serialu Thief dla FX Networks, zdobywając za swoją kreację drugą nagrodę Emmy. W 2007 roku wcielił się w postać generała Hagera w filmie Fantastyczna Czwórka: Rise of the Silver Surfer.
Braugher pojawił się w serialu House, M.D. jako Dr. Darryl Nolan, psychiatra, który pomaga House’owi wyjść z uzależnienia od Vicodinu. Wystąpił również w serialu TNT Men of a Certain Age, za który był dwukrotnie nominowany do Primetime Emmy Award w kategorii Outstanding Supporting Actor in a Drama Series. Wcielił się również w postać Darkseida w filmie animowanym Superman/Batman: Apocalypse. Braugher zagrał główną rolę w produkcji Manhattan Theatre Club The Whipping Man, wystawianej na off-Broadwayu w ograniczonym czasie od stycznia do marca 2011 roku. W latach 2006-2010 był narratorem wstępu do Igrzysk Olimpijskich na antenie NBC, zastępując w tej roli Jamesa Earla Jonesa. Braugher również narrator James Patterson’s Alex Cross książki Cross Fire (2010).
Ma powtarzającą się rolę jako obrońca Bayard Ellis na Law & Order: Special Victims Unit, i pojawił się jako główny bohater, Capt. Marcus Chaplin, w ABC wojskowej dramatycznej serii telewizyjnej Last Resort. Braugher miał również powracającą rolę w 4. sezonie serialu animowanego Netflixa BoJack Horseman jako gubernator Kalifornii Woodchuck Coodchuck-Berkowitz. Obecnie występuje w nagrodzonym Złotym Globem serialu Brooklyn Nine-Nine jako kapitan komisariatu, Raymond Holt, za którą otrzymał cztery nominacje do nagród Primetime Emmy w kategorii wybitny aktor drugoplanowy w serialu komediowym.