Como tradicionalmente definido, Garra rufa é nativa da Turquia, Síria, Jordânia, Israel, Palestina, Iraque e Irão. Alguns dos principais sistemas onde ela é encontrada são o Kızıl, Seyhan, Ceyhan, Orontes, Queiq, Jordânia, Tigris-Euphrates, Kor, e bacias dos rios Mond, mas a espécie também habita outras bacias costeiras do Levante e do Irã, bem como o sistema endorréico do lago Maharlu. Vive em rios, riachos, canais, reservatórios, lagoas e lagos, embora tenda a evitar a estagnação das águas. Muitas vezes é comum ou abundante, mesmo em áreas fortemente influenciadas pelo homem, como canais poluídos.
A taxonomia desta espécie tem sido rotulada com incerteza. Como tradicionalmente definido (sensu lato), existem algumas variações morfológicas sobre a sua área de distribuição relativamente grande e há vários anos que se reconhece que provavelmente se tratava de um complexo de espécies. Várias subespécies foram descritas, mas a sua validade é questionável e, nas últimas décadas, as autoridades geralmente não as reconheceram. No entanto, revisões publicadas desde 2014 forneceram evidências genéticas e morfológicas para o reconhecimento de algumas delas como espécies separadas, enquanto outras novas espécies foram descritas a partir do complexo de espécies. Isto inclui G. turcica (anteriormente uma subespécie) da sua área de distribuição turca, exceto o sistema Tigris-Euphrates, G. jordanica (novas espécies) da bacia norte do Mar Morto, incluindo o rio Jordão, em Israel, Jordânia e Síria, G. gymnothorax (antiga subespécie) dos sistemas Karun, Balarud e Bashar no Irão, G. mondica (nova espécie) da bacia do rio Mond no Irão, e G. amirhosseini (nova espécie) da nascente Sartang-e-Bijar no sistema do rio Tigris no Irão. G. jordanica e G. turcica têm gamas completamente separadas da verdadeira G. rufa (limitando assim o seu alcance ao sistema Tigris-Euphrates e sistemas fluviais no Irão), mas as outras sobrepõem-se em alcance com a verdadeira G. rufa ou pelo menos ocorrem nas mesmas bacias hidrográficas.
Outros membros do complexo G. rufa são G. barreimiae, G. elegans, G. ghorensis, G. longipinnis, G. nana, G. persica, G. rossica e G. sahilia, mas estes foram geralmente reconhecidos como espécies válidas há muitos anos atrás. Finalmente o complexo inclui quatro peixes das cavernas: G. lorestanensis, G. tashanensis, G. typhlops e G. widdowsoni.