Juan de Oñateはメキシコで生まれた。 父ドン・クリストバル・デ・オニャテは、豊かなサカテカ鉱山の発見者・開発者の一人で、裕福で有力な市民であった。 サン・ルイス・ポトシ地区の鉱山開発に貢献し、ルイス・デ・ベラスコ総督と共にメキシコ北部の敵対するインディアンとの戦いに従軍したと主張しているが、フアン・デ・オニャテの生い立ちについてはほとんど分かっていない。
1583年、フランシス・ドレイク卿のカリフォルニアへの航海の影響と、プエブロ・インディアンの間に伝道所を設立するよう教会から継続的に要請されたことから、スペインのフィリップ2世は「ニューメキシコ州の発見、平和化、開拓」のための勅令を発布しました。 北部に豊富な鉱脈があるという話が復活し、大きな関心を呼び、富と名声を得るために多くの人が探検隊のリーダーに志願した。 1595年、ついにオニャテは、200人の兵力を調達し、植民地化の費用の大半を引き受けるという条件で、契約を獲得した。
何度も延期された後、約400人からなる遠征隊は、1598年1月にサンタ・バルバラを出発した。 5月、一行はエルパソでリオ・グランデ川を渡り、ジョルナダ・デル・ムエルトとして知られる道を北上し、現在のサンタフェ上方の地点でサン・フアン・デ・ロス・カバリェロスを設立しました。 その後数年間、この小さな植民地は存続のために奮闘した。 オニャーテと彼の隊長たちは、北のカンザスや西のカリフォルニア湾など、いくつかの遠征を行ったが、新しい文明を発見することはできず、この地域のとらえどころのない鉱物資源を見つけることもできなかった
一方、インディアンはますます敵対的になった。 ア・コマ・プエブロ族は反乱を起こし、オニャテは多大な流血を伴ってこれを鎮圧した。 オニャーテの最善の努力にもかかわらず、植民地は繁栄せず、人々はすべての問題を総督のせいにした。 1607年、オニャテはニューメキシコにすでに40万ペソを費やしたことを指摘し、総督の職を解くよう求めた。 1609年、彼は行政不行き届きの罪に問われ、メキシコに戻った。 命令不服従、インディアンや植民者への虐待の罪で有罪となったが、オニャテは判決を不服として控訴し、生前に恩赦を得ることに成功したのかもしれない
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