Juan de Oñate nasceu no México. Seu pai, Don Cristóbal de Oñate, foi um dos descobridores e desenvolvedores das ricas minas zacatecas e um cidadão rico e influente. Pouco se sabe sobre o início da vida de Juan de Oñate, embora ele afirmasse ter ajudado a desenvolver as minas no distrito de San Luis Potosi e ter servido com o vice-rei Luis de Velasco em guerras contra os índios hostis do norte do México. Ele casou-se com Doña Isabel de Tolosa, neta de Hernán Cortés e bisneta do último governante asteca, Montezuma II.
Em 1583 os efeitos combinados da viagem de Sir Francis Drake à Califórnia e os contínuos apelos da Igreja para estabelecer missões entre os índios Pueblo levaram Filipe II da Espanha a emitir uma ordem real para a “descoberta, pacificação e colonização da província do Novo México”. Histórias revividas de ricos depósitos minerais no norte despertaram grande interesse, e muitos aplicaram para liderar a expedição, na esperança de ganhar riqueza e fama. Finalmente, em 1595, Oñate recebeu o contrato sobre a provisão de que ele levantaria uma força de 200 homens e assumiria a maior parte dos gastos da colonização. Em troca o Rei nomeado governador de Oñate e adelantado do Novo México.
Após numerosos atrasos, a expedição, composta por cerca de 400 pessoas, deixou Santa Bárbara em janeiro de 1598. Em maio a festa atravessou o Rio Grande em El Paso e se mudou para o norte pela trilha conhecida como Jornada del Muerto até um ponto acima da atual Santa Fé onde estabeleceram San Juan de los Caballeros. Durante os anos seguintes, a pequena colônia lutou pela existência. Oñate e seus capitães empreenderam várias expedições, incluindo uma ao norte para o Kansas e outra ao oeste para o Golfo da Califórnia, mas não descobriram novas civilizações, nem foram capazes de encontrar a riqueza mineral esquiva da região.
Mean enquanto isso, os índios se tornaram cada vez mais hostis. O Á coma Pueblo levantou-se em uma revolta que Oñate só reprimiu com grande derramamento de sangue. Apesar dos melhores esforços de Oñate, a colônia não prosperou, e o povo culpou o governador por todos os seus problemas. Em 1607 Oñate, observando que já tinha gasto 400 mil pesos no Novo México, pediu para ser dispensado do cargo de governador. Ele retornou ao México cerca de 1609 para responder a acusações de má administração. Condenado por desobediência às ordens e maus tratos aos índios e colonos, Oñate apelou do veredicto e pode ter conseguido obter um perdão antes da sua morte.