Braugherin ensimmäinen elokuvarooli oli vuonna 1989 valmistuneessa elokuvassa Glory Thomas Searlesina, vapaana, koulutettuna pohjoisen mustana miehenä, joka liittyy unionin armeijan ensimmäiseen mustien rykmenttiin. Hän näytteli Kojakin apuria 1980-luvun lopun ABC:n televisioelokuvassa Kojakin elvyttämisessä. Myöhemmin hän siirtyi rooliin televisiosarjassa Homicide: Life on the Street -elokuvassa etsivä Frank Pembletonina, omahyväisenä, kiihkeänä, periksiantamattomana, jesuiittakoulutuksen saaneena poliisietsivänä. Braugherista tuli sarjan läpimurtotähti näyttelemällä vastapäätä Kyle Secoria (joka esitti etsivä Tim Baylissia). Hän sai Television Critics Associationin palkinnon draamasarjassa vuosina 1997 ja 1998. Hän oli ehdolla Primetime Emmy -palkinnon saajaksi draamasarjan erinomaisesta pääosanäyttelijästä vuosina 1996 ja 1998, ja jälkimmäisenä vuonna hän voitti palkinnon. Hän jätti Homicide-sarjan sen kuudennen tuotantokauden jälkeen, mutta palasi reunion-tv-elokuvaan. Hän on näytellyt myös elokuvissa City of Angels, Frequency ja Poseidon. Vuonna 1997 People valitsi hänet yhdeksi ”maailman 50 kauneimmasta ihmisestä”.
Braugher näytteli nimiroolin Henry V:n vuoden 1996 tuotannossa Shakespeare in the Park -sarjassa Delacorte-teatterissa New Yorkin Central Parkissa, josta hän sai Obie-palkinnon. Vuonna 2000 hän näytteli nimiroolin Ben Gideonina sarjassa Gideon’s Crossing, joka kesti yhden kauden. Vuonna 2002 Braugher kertoi palkittua, PBS:n lähettämää dokumenttia Muhammad: Legacy of a Prophet, jonka Unity Productions Foundation tuotti ja joka on äskettäin julkaistu uudelleen. Braugher kertoi myös The Murder of Emmett Till -elokuvan PBS:lle. Hän näytteli etsivä Marcellus Washingtonia televisiosarjassa Hack vuosina 2002-2004. Vuonna 2006 Braugher näytteli Nick Atwateria FX Networksin minisarjassa Thief, josta hän voitti toisen Emmyn. Hän näytteli kenraali Hageria elokuvassa Fantastic Four vuonna 2007: Rise of the Silver Surfer.
Braugher esiintyi televisiosarjassa House, M.D. tohtori Darryl Nolanina, psykiatrina, joka auttaa Housea toipumaan Vicodin-riippuvuudesta. Hän esiintyi myös TNT:n sarjassa Men of a Certain Age, josta hän oli kahdesti ehdolla Primetime Emmy -palkinnon saajaksi erinomaisesta miessivuosasta draamasarjassa. Hän myös ääninäytteli pahis Darkseidia animaatioelokuvassa Superman/Batman: Apocalypse. Braugher oli mukana näyttelemässä Manhattan Theatre Clubin The Whipping Man -näytelmässä, joka esitettiin off-Broadwaylla rajoitetun ajan tammi-maaliskuussa 2011. Hän kertoi olympialaisten johdannon NBC-kanavalla vuosina 2006-2010 James Earl Jonesin seuraajana. Braugher kertoi myös James Pattersonin Alex Cross -kirjan Cross Fire (2010).
Hänellä on toistuva rooli puolustusasianajaja Bayard Ellisinä sarjassa Law & Order: Special Victims Unit, ja esiintyi päähenkilönä, kapteeni Marcus Chaplinina ABC:n sotilasdraamasarjassa Last Resort. Braugherilla oli myös toistuva rooli Netflixin animaatiosarjan BoJack Horseman 4. kaudella Kalifornian hallituksen Woodchuck Coodchuck-Berkowitzina. Tällä hetkellä hän näyttelee Golden Globe -palkittua televisiosarjaa Brooklyn Nine-Nine piirikapteeni Raymond Holtia, josta hänet on ehdolla neljään Primetime Emmy -palkintoon komediasarjan erinomaisesta miessivuosasta.