Juan de Oñate se narodil v Mexiku. Jeho otec, don Cristóbal de Oñate, byl jedním z objevitelů a těžařů bohatých dolů v Zacatecu a bohatým a vlivným občanem. O raném životě Juana de Oñate je známo jen málo, ačkoli tvrdil, že pomáhal rozvíjet doly v oblasti San Luis Potosí a že sloužil s místokrálem Luisem de Velasco ve válkách proti nepřátelským indiánům v severním Mexiku. Oženil se s doňou Isabel de Tolosa, vnučkou Hernána Cortése a pravnučkou posledního aztéckého vládce Montezumy II.
V roce 1583 vedla kombinace účinků plavby sira Francise Drakea do Kalifornie a neustálých proseb církve o založení misií mezi indiány kmene Pueblo španělského krále Filipa II. k vydání královského příkazu k „objevení, pacifikaci a osídlení provincie Nové Mexiko“. Oživené historky o bohatých nalezištích nerostných surovin na severu vzbudily velký zájem a mnozí se ucházeli o vedení výpravy v naději, že získají bohatství a slávu. Nakonec v roce 1595 získal Oñate zakázku s podmínkou, že shromáždí jednotku 200 mužů a převezme většinu nákladů na kolonizaci. Na oplátku král jmenoval Oñateho guvernérem a adelantadem Nového Mexika.
Po četných odkladech výprava čítající asi 400 osob opustila Santa Bárbaru v lednu 1598. V květnu výprava překročila Rio Grande u El Pasa a přesunula se na sever po stezce známé jako Jornada del Muerto do místa nad dnešním Santa Fe, kde založila San Juan de los Caballeros. Během několika následujících let malá kolonie bojovala o existenci. Oñate a jeho kapitáni podnikli několik výprav, včetně jedné na sever do Kansasu a další na západ do Kalifornského zálivu, ale neobjevili žádné nové civilizace, ani se jim nepodařilo najít nepolapitelné nerostné bohatství regionu.
Mezitím se indiáni stávali stále nepřátelštějšími. Á coma Pueblo povstalo v povstání, které Oñate potlačil jen za velkého krveprolití. Přes veškeré Oñateho úsilí kolonie neprosperovala a lidé vinili guvernéra ze všech svých potíží. V roce 1607 Oñate s poukazem na to, že na Nové Mexiko již vynaložil 400 000 pesos, požádal o uvolnění z funkce guvernéra. Kolem roku 1609 se vrátil do Mexika, aby se zodpovídal z obvinění ze špatné správy. Oñate, odsouzený za neuposlechnutí rozkazů a špatné zacházení s indiány a kolonisty, se proti rozsudku odvolal a možná se mu před smrtí podařilo získat milost.