Les arénavirus sont principalement associés aux rongeurs, bien que certains puissent causer des maladies chez l’homme. Le premier arénavirus identifié chez les chauves-souris était le Tacaribe mammarenavirus, qui a été isolé chez les chauves-souris frugivores jamaïcaines et la grande chauve-souris frugivore. Une réponse anticorps associée au virus Tacaribe a également été trouvée chez la chauve-souris vampire commune, la petite chauve-souris à épaulettes jaunes et la chauve-souris à large nez de Heller. On ne sait pas si les chauves-souris constituent le réservoir naturel du virus Tacaribe. Une infection humaine par le virus Tacaribe a été connue, bien qu’elle ait été acquise accidentellement en laboratoire.
HantavirusEdit
Les hantavirus, famille des Hantaviridae, sont naturellement présents chez les vertébrés. Tous les hantavirus associés aux chauves-souris font partie de la sous-famille des Mammantavirinae. Parmi les quatre genres de la sous-famille, Loanvirus et Mobatvirus sont les genres qui ont été documentés chez diverses chauves-souris. Presque tous les hantavirus de chauves-souris ont été identifiés à partir de microbats. Le virus Mouyassue a été identifié chez la pipistrelle du bananier en Côte d’Ivoire et la sérotine du Cap en Éthiopie ; le virus Magboi chez la chauve-souris velue à face fendue en Sierra Leone ; le virus Xuan Son chez la chauve-souris à feuilles rondes de Pomona au Vietnam ; le virus Huangpi chez la chauve-souris domestique japonaise en Chine ; Longquan loanvirus de plusieurs chauves-souris fers à cheval en Chine ; Makokou virus de la chauve-souris à feuilles rondes de Noack au Gabon ; Đakrông virus de la chauve-souris trident de Stoliczka au Vietnam ; Brno loanvirus de la noctule commune en République tchèque ; et Laibin mobatvirus de la chauve-souris sépulcrale à barbe noire en Chine. En 2019, seul le mobatvirus de Quezon a été identifié à partir d’une mégabate, puisqu’il a été identifié à partir d’une rousette de Geoffroy aux Philippines. Les hantavirus de chauve-souris ne sont pas associés à des maladies chez l’homme.
FilovirusEdit
Marburgvirus et EbolavirusEdit
Filoviridae est une famille de virus contenant deux genres associés aux chauves-souris : Marburgvirus et Ebolavirus, qui contiennent les espèces à l’origine de la maladie du virus de Marbourg et de la maladie du virus Ebola, respectivement. Bien que les filovirus soient à l’origine de relativement peu d’épidémies, ils sont très préoccupants en raison de leur extrême virulence ou de leur capacité à nuire à leurs hôtes. Les épidémies de filovirus ont généralement un taux de mortalité élevé chez l’homme. Bien que le premier filovirus ait été identifié en 1967, il a fallu plus de vingt ans pour identifier tout réservoir naturel.
La maladie à virus Ebola est une maladie relativement rare mais potentiellement mortelle chez l’homme, avec un taux de mortalité moyen de 50 % (bien que des épidémies individuelles puissent atteindre une mortalité de 90 %). Les premières épidémies ont eu lieu en 1976 au Sud-Soudan et en République démocratique du Congo. Les réservoirs naturels des ébolavirus sont inconnus. Cependant, certaines preuves indiquent que les mégabates pourraient être des réservoirs naturels. Plusieurs espèces de mégabates ont été testées séropositives pour les anticorps contre les ébolavirus, notamment la chauve-souris à tête de marteau, la chauve-souris frugivore à épaulettes de Franquet et la petite chauve-souris frugivore à collier. Les autres réservoirs possibles sont les primates non humains, les rongeurs, les musaraignes, les carnivores et les ongulés. Affirmer définitivement que les chauves-souris frugivores sont des réservoirs naturels est problématique ; en 2017, les chercheurs ont été largement incapables d’isoler les ébolavirus ou leurs séquences d’ARN viral des chauves-souris frugivores. De plus, les chauves-souris ont généralement un faible niveau d’anticorps associés aux ébolavirus, et la séropositivité chez les chauves-souris n’est pas fortement corrélée aux épidémies humaines.
La maladie à virus de Marbourg (MVD) a été identifiée pour la première fois en 1967 lors d’épidémies simultanées à Marbourg et Francfort en Allemagne, et à Belgrade, en Serbie. La MVD est très virulente, avec un taux de mortalité humaine moyen de 50 %, mais pouvant atteindre 88 % pour des épidémies individuelles. La MVD est causée par le virus de Marbourg et le virus Ravn, étroitement lié, qui était autrefois considéré comme un synonyme du virus de Marbourg. Le virus de Marburg a été détecté pour la première fois chez la chauve-souris frugivore égyptienne en 2007, qui est désormais reconnue comme le réservoir naturel du virus. Le virus de Marburg a été détecté chez des chauves-souris frugivores égyptiennes au Gabon, en République démocratique du Congo, au Kenya et en Ouganda. La propagation du virus à partir des chauves-souris frugivores égyptiennes se produit lorsque les humains passent un temps prolongé dans les mines ou les grottes habitées par les chauves-souris, bien que le mécanisme exact de transmission ne soit pas clair. La transmission interhumaine se produit par contact direct avec des fluides corporels infectés, y compris le sang ou le sperme, ou indirectement par contact avec la literie ou les vêtements exposés à ces fluides.
AutreEdit
Le virus Lloviu, une sorte de filovirus du genre Cuevavirus, a été identifié à partir de la chauve-souris commune à ailes coudées en Espagne. Un autre filovirus, le Bombali ebolavirus, a été isolé chez des chauves-souris à queue libre, notamment la petite chauve-souris à queue libre et la chauve-souris à queue libre d’Angola. Ni le virus Lloviu ni le Bombali ebolavirus ne sont associés à des maladies chez l’homme. L’ARN génomique associé au dianlovirus de Mengla, mais pas le virus lui-même, a été identifié chez des chauves-souris Rousettus en Chine.
RhabdovirusEdit
Virus de la rage-causing virusesEdit
Les lyssavirus (du genre Lyssavirus dans la famille des Rhabdoviridae) comprennent le virus de la rage, Australian bat lyssavirus, et d’autres virus apparentés, dont beaucoup sont également hébergés par les chauves-souris. Contrairement à la plupart des autres virus de la famille Rhabdoviridae, qui sont transmis par des arthropodes, les lyssavirus sont transmis par des mammifères, le plus souvent par morsure. Tous les mammifères sont sensibles aux lyssavirus, mais les chauves-souris et les carnivores en sont les réservoirs naturels les plus courants. La grande majorité des cas de rage chez l’homme sont dus au virus de la rage, seuls douze autres cas humains étant attribués à d’autres lyssavirus en 2015. Ces lyssavirus plus rares associés aux chauves-souris comprennent le lyssavirus Duvenhage (trois cas humains en 2015) ; le lyssavirus European bat 1 (un cas humain en 2015) ; le lyssavirus European bat 2 (deux cas humains en 2015) ; et le lyssavirus Irkut (un cas humain en 2015). Les micro-chauves-souris sont suspectées d’être les réservoirs de ces quatre lyssavirus peu communs.
Après une transmission, l’humain moyen est asymptomatique pendant deux mois, bien que la période d’incubation puisse être aussi courte qu’une semaine ou aussi longue que plusieurs années.Le scientifique italien Antonio Carini a été le premier à émettre l’hypothèse que le virus de la rage pouvait être transmis par les chauves-souris, ce qu’il a fait en 1911. Cette même conclusion a été atteinte par Hélder Queiroz en 1934 et Joseph Lennox Pawan en 1936. Les chauves-souris vampires ont été les premières à être documentées comme ayant la rage ; en 1953, une chauve-souris insectivore de Floride a été découverte avec la rage, ce qui en fait la première occurrence documentée chez une espèce insectivore en dehors des aires de répartition des chauves-souris vampires. La prévalence du virus de la rage chez les chauves-souris est globalement faible, la majorité des études portant sur des individus apparemment sains montrant une incidence de la rage de 0,0 à 0,5 %. Les chauves-souris malades sont plus susceptibles d’être soumises à des tests de dépistage de la rage que les chauves-souris apparemment saines, ce que l’on appelle le biais d’échantillonnage, la plupart des études faisant état d’une incidence de la rage de 5 à 20 % chez les chauves-souris malades ou mortes. L’exposition au virus de la rage peut être mortelle chez les chauves-souris, bien qu’il soit probable que la majorité des individus ne développent pas la maladie après l’exposition. Chez les mammifères autres que les chauves-souris, l’exposition au virus de la rage entraîne presque toujours la mort.
Mondialement, les chiens sont de loin la source la plus courante de décès par la rage chez l’homme. Les chauves-souris sont la source la plus fréquente de rage chez l’homme en Amérique du Nord et du Sud, en Europe occidentale et en Australie. De nombreuses guildes alimentaires de chauves-souris peuvent transmettre la rage à l’homme, notamment les espèces insectivores, frugivores, nectarivores, omnivores, sanguivores et carnivores. La chauve-souris vampire commune est une source de rage humaine en Amérique centrale et du Sud, bien que la fréquence à laquelle les humains sont mordus soit mal connue. Entre 1993 et 2002, la majorité des cas de rage humaine associés aux chauves-souris sur le continent américain étaient le fait de chauves-souris non-vampires. En Amérique du Nord, environ la moitié des cas de rage humaine sont cryptiques, ce qui signifie que le patient n’a aucun antécédent connu de morsure. Bien que l’on ait supposé que le virus de la rage pouvait être transmis par des aérosols, des études sur le virus de la rage ont conclu que cela n’était possible que dans des conditions limitées. Ces conditions comprennent une très grande colonie de chauves-souris dans une grotte chaude et humide avec une mauvaise ventilation. Alors que deux décès humains en 1956 et 1959 avaient été provisoirement attribués à une aérosolisation du virus de la rage après avoir pénétré dans une grotte avec des chauves-souris, « les enquêtes sur les 2 cas humains rapportés ont révélé que les deux infections pouvaient être expliquées par d’autres moyens que la transmission par aérosol ». Au contraire, on pense généralement que la plupart des cas de rage cryptique sont le résultat d’une morsure de chauve-souris inconnue. Les morsures de chauve-souris peuvent être si petites qu’elles ne sont pas visibles sans équipement de grossissement, par exemple. En dehors des morsures, l’exposition au virus de la rage peut également se produire si des fluides infectés entrent en contact avec une muqueuse ou une rupture de la peau.
AutresEdit
Plusieurs lyssavirus de chauve-souris ne sont pas associés à une infection chez l’homme. Il s’agit notamment du Lagos bat lyssavirus, du Shimoni bat lyssavirus, du Khujand lyssavirus, du Aravan lyssavirus, du Bokeloh bat lyssavirus, du West Caucasian bat lyssavirus et du Lleida bat lyssavirus. Le Lagos bat lyssavirus, également connu sous le nom de Lagos bat virus (LBV), a été isolé d’un mégabat en Afrique sub-saharienne. Ce lyssavirus possède quatre lignées distinctes, toutes présentes chez la chauve-souris frugivore de couleur paille.
Des rhabdovirus d’autres genres ont été identifiés chez les chauves-souris. Cela inclut plusieurs du genre Ledantevirus : le virus de Kern Canyon, qui a été trouvé chez le myotis de Yuma en Californie (États-Unis) ; le virus de Kolente, de la chauve-souris à feuilles rondes de Jones en Guinée ; le virus de la chauve-souris du Mont Elgon, de la chauve-souris éloignée au Kenya ; le virus d’Oita, de la petite chauve-souris japonaise ; et le virus de Fikirini, de la chauve-souris rayée à nez plat au Kenya.
OrthomyxovirusEdit
Les orthomyxovirus comprennent les virus de l’influenza. Si les oiseaux sont le principal réservoir du genre Alphainfluenzavirus, quelques espèces de chauves-souris d’Amérique centrale et du Sud ont également été testées positives pour ces virus. Ces espèces comprennent la petite chauve-souris à épaulettes jaunes et la chauve-souris frugivore à face plate. Les populations de chauves-souris testées au Guatemala et au Pérou présentaient des taux de séropositivité élevés, ce qui suggère que les infections par le virus de la grippe A sont courantes chez les chauves-souris du Nouveau Monde.
ParamyxovirusEdit
Virus Hendra, Nipah et MenangleEdit
Paramyxoviridae est une famille qui comprend plusieurs virus zoonotiques naturellement présents chez les chauves-souris. Deux d’entre eux appartiennent au genre Henipavirus : le virus Hendra et le virus Nipah. Le virus de Hendra a été identifié pour la première fois en 1994 à Hendra, en Australie. Quatre espèces différentes de roussettes ont été testées positives au virus de Hendra : la roussette à tête grise, la roussette à lunettes et la roussette noire. Les chevaux sont l’hôte intermédiaire entre les renards volants et les humains. Entre 1994 et 2014, cinquante-cinq foyers du virus de Hendra ont été recensés en Australie, entraînant la mort ou l’euthanasie de quatre-vingt-huit chevaux. Sept humains sont connus pour avoir été infectés par le virus de Hendra, dont quatre sont morts. Six des sept humains infectés ont été directement exposés au sang ou à d’autres fluides de chevaux malades ou morts (trois étaient des vétérinaires), tandis que le septième cas était une infirmière vétérinaire qui avait récemment irrigué la cavité nasale d’un cheval ne présentant pas encore de symptômes. On ne sait pas exactement comment les chevaux sont infectés par le virus de Hendra, mais on pense que l’infection se produit après une exposition directe aux fluides des renards volants. Il existe également des preuves de transmission de cheval à cheval. Fin 2012, un vaccin a été mis sur le marché pour prévenir l’infection chez les chevaux. L’adoption du vaccin a été faible, avec une estimation de 11-17% des chevaux australiens vaccinés en 2017.
La première épidémie humaine du virus Nipah a eu lieu en 1998 en Malaisie. Il a été déterminé que les roussettes étaient également le réservoir du virus, les porcs domestiques étant l’hôte intermédiaire entre les chauves-souris et les humains. Des épidémies sont également apparues au Bangladesh, en Inde, à Singapour et aux Philippines. Au Bangladesh, le principal mode de transmission du virus Nipah à l’homme est la consommation de la sève du palmier dattier. Les pots disposés pour recueillir la sève sont contaminés par l’urine et le guano des roussettes, et les chauves-souris lèchent également les flux de sève qui coulent dans les pots. On a émis l’hypothèse que le virus peut également être transmis à l’homme en mangeant des fruits partiellement consommés par les renards volants, ou en entrant en contact avec leur urine, bien qu’aucune preuve définitive ne soutienne cette hypothèse.
Un autre paramyxovirus zoonotique que les chauves-souris hébergent est le virus Menangle, qui a été identifié pour la première fois dans un élevage de porcs en Nouvelle-Galles du Sud, en Australie. Les renards volants ont été une nouvelle fois identifiés comme les réservoirs naturels du virus, les renards noirs, à lunettes et à tête grise étant séropositifs pour le virus. Deux employés de la ferme porcine sont tombés malades, souffrant d’un syndrome grippal, dont il a été démontré par la suite qu’il était dû au virus. On sait que le Sosuga pararubulavirus a infecté une personne – un biologiste américain spécialiste de la faune sauvage qui avait mené des recherches sur les chauves-souris et les rongeurs en Ouganda. La chauve-souris frugivore égyptienne a ensuite été testée positive au virus, ce qui indique qu’elle est potentiellement un réservoir naturel.
AutresEdit
Les chauves-souris hébergent plusieurs paramyxovirus qui ne sont pas connus pour affecter les humains. Les chauves-souris sont le réservoir du virus Cedar, un paramyxovirus découvert pour la première fois chez les renards volants du sud-est du Queensland. Le potentiel zoonotique du virus Cedar est inconnu. Au Brésil, en 1979, l’orthorubulavirus Mapuera a été isolé de la salive de la petite chauve-souris à épaulettes jaunes. Le virus Mapuera n’a jamais été associé à une maladie chez d’autres animaux ou chez l’homme, mais l’exposition expérimentale de souris au virus a entraîné la mort. Le pararubulavirus Tioman a été isolé de l’urine de la petite roussette, qui provoque de la fièvre chez certains porcs domestiques après exposition, mais aucun autre symptôme. Le virus Tukoko a été détecté chez la rousette de Leschenault en Chine. Les chauves-souris ont été suggérées comme l’hôte du Porcine orthorubulavirus, bien que des preuves définitives n’aient pas été recueillies.
TogavirusEdit
Les togavirus comprennent les alphavirus, qui ont été détectés chez les chauves-souris. Les alphavirus provoquent des encéphalites chez l’homme. Les alphavirus qui ont été détectés chez les chauves-souris comprennent le virus de l’encéphalite équine du Venezuela, le virus de l’encéphalite équine de l’Est et le virus de l’encéphalite équine de l’Ouest. Le virus Sindbis a été détecté chez des chauves-souris en fer à cheval et des chauves-souris à feuilles rondes. Le virus du chikungunya a été isolé chez la rousette de Leschenault, la chauve-souris frugivore égyptienne, la chauve-souris à feuilles rondes de Sundevall, la petite chauve-souris à queue libre et les espèces Scotophilus.