Domestikaatio
Vaikka domestikoidun kissan alkuperä on piilossa muinaisuudessa, mitokondriaaliseen DNA:han (mtDNA) liittyvät tutkimukset viittaavat siihen, että Felis catusilla on ollut kaksi sukulinjaa. Toinen linja (F. silvestris silvestris) ilmestyi Vähä-Aasiaan mahdollisesti jo 6 400 vuotta sitten ja levisi pohjoiseen ja länteen Eurooppaan. Toinen sukulinja ilmestyi Egyptiin joskus 6 400-1 000 vuotta sitten ennen kuin se levisi koko Välimeren alueelle (mahdollisesti ihmisen välityksellä) alueen kauppareittien suuntaisia reittejä pitkin. Molempien linjojen kissat jatkoivat lisääntymistä afrikkalaisen villikissan (F. silvestris lybica) kanssa niiden levittäytymisen aikana.
Varhaisin tunnettu yhteys kissojen ja ihmisten välillä juontaa juurensa mahdollisesti jo maanviljelyn syntyyn Lähi-idässä, noin 9 500 vuotta sitten. Etelä-Kyprokselta löydettiin tuolle ajalle ajoittuva ihmisen luurangon mukana ollut kissan luuranko. Vaikka jotkut lähteet toteavat, että tämä löytö viittaa siihen, että kissat olivat jossain määrin kesyyntyneet kyseisessä paikassa, toiset lähteet (jotka vetoavat todisteisiin siitä, että kissan perimä ei eronnut kovin paljon afrikkalaisen villikissan perimästä kyseisenä aikana) väittävät, että kissat ovat saattaneet kesyttää itsensä valitsemalla asuinpaikakseen ihmisen muokkaamat maisemat. Noin 5300 vuoden takaa Kiinasta löydetyt fossiiliset todisteet osoittavat, että nykyisiä kotikissoja vastaavan kokoiset kissat söivät pieniä viljaa syöviä eläimiä, kuten jyrsijöitä, ja hirssiä maatalousympäristöissä. Vaikka tutkimukset viittaavat siihen, että nämä kissat olivat itse asiassa leopardikissoja (Prionailurus bengalensis), jotka korvattiin nykyisillä kotikissoilla (F. catus) ennen vuotta 3000 eaa, tämä löytö viittaa siihen, että ihmiset antoivat kissojen metsästää hiiriä ja muita jyrsijöitä, jotka uhkasivat viljavarastoja, ja mahdollisesti ruokkivat kissoja tai antoivat niiden syödä ylijäämäruokaa.
Vaikka kissa julistettiin Egyptissä pyhäksi eläimeksi viidennellä ja kuudennella dynastialla (n. 2465- 2150 eaa.), sitä ei välttämättä ollut tuolloin kesytetty. On todennäköistä, että muinaiset egyptiläiset ottivat kissan kumppanikseen, koska he ymmärsivät sen arvon viljavarastojen suojelemisessa jyrsijöiltä. Heidän kiintymyksensä ja kunnioituksensa tätä petoeläintä kohtaan johti uskonnollisten kissakulttien ja kissojen temppelipalvonnan kehittymiseen. Aitoja merkintöjä kesyttämisestä ennen vuotta 1500 eaa. ei kuitenkaan ole.
Kissat ovat olleet pitkään tunnettuja muissa kulttuureissa. Kreetan seinälaatat vuodelta 1600 eaa. kuvaavat metsästäviä kissoja. Taiteesta ja kirjallisuudesta saadut todisteet viittaavat siihen, että kissa oli läsnä Kreikassa 5. vuosisadalta eaa. lähtien, ja kissoja esittäviä kaakeleita esiintyi Kiinassa 500 eaa. lähtien. Intiassa kissat mainittiin sanskritinkielisissä kirjoituksissa noin vuonna 100 eaa., kun taas arabit ja japanilaiset tutustuivat kissaan vasta noin vuonna 600 eaa. Varhaisimmat merkinnät kissoista Britanniassa ovat peräisin noin vuodelta 936 eaa., jolloin Howel Dda, Walesin eteläisen keskiosien prinssi, antoi lakeja kissojen suojelemiseksi.
Vaikka kaikki kissat ovat ulkonäöltään samankaltaisia, yksittäisten rotujen syntyperää on vaikea jäljittää. Koska muinaisten egyptiläisten kissojen piirroksissa ja muumioissa esiintyy tabbymaisia merkkejä, nykyiset tabbyt saattavat olla Egyptin pyhien kissojen jälkeläisiä. Abessinialainen muistuttaa myös egyptiläisten kissojen kuvia ja patsaita. Persialainen, jonka väritys on usein sama kuin sekarotuisilla kissoilla (joskin karvapituus ja rungonmuodostus eroavat toisistaan), on todennäköisesti risteytetty eri aikoina muiden rotujen kanssa. Häntätön manx-kissa, kuten karvaton sphynx-kissa ja kiharatukkainen devon-rex, on mutaatio. Persian- ja siamilaiskissojen syntyperä saattaa hyvinkin poiketa muiden kotieläinrotujen syntyperästä ja edustaa aasialaisen villikissan kesyttämistä. Itse asiassa siamilaismuotojen esi-isistä ei tiedetä mitään, eikä ole olemassa mitään elävää aasialaista kissalajia, joka olisi voinut toimia niiden esi-isänä.