Viele Lebensmittel, die heute in Lebensmittelläden gang und gäbe sind, kamen erstmals im späten 19. und frühen 20. Jahrhundert auf den Markt. Die Bemühungen früher Gesundheitspioniere wie Paul Bragg, Sylvester Graham, John Harvey Kellogg, George Ohsawa, Ellen White und anderer förderten das Interesse an gesunder Ernährung. Bereits in den 1920er und 1930er Jahren wurden in den Vereinigten Staaten und im Vereinigten Königreich Naturkostläden eröffnet, die Produkte wie Melasse und Bierhefe verkauften.
Ein früher Naturkostladen wurde 1869 von Thomas Martindale als „Thomas Martindale Company“ in Oil City, Pennsylvania, gegründet. Im Jahr 1875 verlegte Thomas Martindale das Geschäft nach Philadelphia. Es ist als das älteste Reformhaus der Vereinigten Staaten bekannt und befindet sich noch immer in unabhängigem Besitz. Die Familie Martindale verlegte das Geschäft 1920 in die 10th and Filbert St. und wurde stark von dem neuen Interesse an Gesundheit und Wellness in den 1930er Jahren beeinflusst. Der Laden stellte einen eigenen Kaffee-Ersatz aus getrockneten Feigen her, der „Figco“ genannt wurde. In der Kantine wurden gesunde Lebensmittel verkauft, und alle Backwaren wurden mit Honig oder Ahornsirup gesüßt. Schließlich entwickelte sich der Laden zu dem, was heute als Martindale’s Natural Market bekannt ist.
Im Jahr 1896 wurde in Birmingham, England, ein neues Gebäude gebaut, in dem James Henry Cooks vegetarisches Restaurant untergebracht war, eines der ersten in England. 1898 wurde an gleicher Stelle das „Pitman Vegetarian Hotel“ eröffnet, das nach dem berühmten Vegetarier Sir Isaac Pitman benannt wurde, und die Eigentümer eröffneten anschließend ein langjähriges Reformhaus.
Frank A. Sawall, der zuvor mit John Harvey Kellogg zusammengearbeitet hatte, begann, Mineralgetränke in Pulverform von Tür zu Tür zu verkaufen und in den Vereinigten Staaten Vorträge über die Vorteile von Vitamin- und Mineralstoffpräparaten zu halten, bevor er 1936 die Sawall Health Food Products, Inc, 1936 das älteste noch heute existierende Naturkostgeschäft der Vereinigten Staaten in Familienbesitz. Das Unternehmen begann mit Mineralien und Vitaminen in Pulverform und verkaufte auch natürliche und biologische Lebensmittel. Frank A. Sawall, ein Biochemiker, wurde in Zeitungen in den gesamten Vereinigten Staaten als „Amerikas herausragender Gesundheitslehrer und landesweit bekannter Ernährungswissenschaftler“ bezeichnet. Er hielt zahlreiche Vorträge im Mittleren Westen und an der Ostküste. Frank A. Sawall expandierte mit seinen Geschäften in Michigan, darunter Detroit, Kalamazoo, Bay City, Grand Rapids und Lansing. Er gründete die erste Bioladenkette in den Vereinigten Staaten. Sawall Health Foods wird heute in der fünften Generation von den Sawalls geführt. Sawall’s ist der älteste Naturkostladen in Familienbesitz in den Vereinigten Staaten.
Das Proxmire-Vitamin-Gesetz von 1976, das die FDA davon abhielt, Nahrungsergänzungsmittel als „Arzneimittel“ zu definieren, wurde damals als große Errungenschaft in der Naturkostbranche gefeiert. Senator William Proxmire war mit Ellen Hodges Sawall verheiratet.
Das von Health Food Research betriebene Geschäft in New Westminster wurde 1954 am Stadtrand von Vancouver, British Columbia, eröffnet. Er wurde von Ella Birzneck gegründet und orientierte sich zum Teil an den russischen „Arztläden“, die Medikamente, Kräuter und spezielle Lebensmittel anboten. Einer der ersten unabhängigen Naturkostläden in Großbritannien wurde 1966 von der Aetherius Society in der Fulham Road 767, London, eröffnet. Sein Angebot umfasste Honig, Nüsse und Samen sowie Fruchtsäfte und Apfelessig.
Gesundheitsläden wurden in den 1960er Jahren im Zusammenhang mit der neu entstehenden Ökologiebewegung und Gegenkultur immer häufiger.
Viele Naturkostläden sind Genossenschaften im Besitz von Arbeitnehmern und Verbrauchergenossenschaften, was zum Teil darauf zurückzuführen ist, dass die Kaufkraft der Genossenschaften den Verbrauchern niedrigere Kosten beschert, und dass sie während der Gegenkulturbewegung der 1960er und 1970er Jahre immer beliebter wurden.
Im letzten Jahrzehnt sind Naturkostläden, insbesondere Bio-Lebensmittel, in den Mainstream übergegangen. Unternehmen wie Whole Foods Market, ein großer multinationaler Konzern, haben während dieser Expansion stark profitiert und sind erheblich gewachsen.