Den nøjagtige årsag til medfødt amputation er ukendt og kan skyldes en række forskellige årsager. De fleste tilfælde viser dog, at det er i de første tre måneder i en graviditet, at de fleste fødselsdefekter opstår, fordi det er på det tidspunkt, hvor fosterets organer begynder at blive dannet. En almindelig årsag er amnionbåndssyndromet, som opstår, når den indre fostermembran (amnion) brister uden at den ydre membran (chorion) bliver skadet. Fibrøse bånd fra det bristede fosterhinden flyder i fostervandet og kan vikle sig ind i fosteret, hvorved blodtilførslen til de udviklede lemmer reduceres i en sådan grad, at lemmerne kan blive stranguleret; vævet dør og absorberes i fostervandet. Et barn med medfødt amputation kan mangle en del af et lem eller hele lemmet, hvilket resulterer i fuldstændig fravær af et lem ud over et bestemt punkt, hvor kun en stump er tilbage, er kendt som tværmangel eller amelia. Når en specifik del mangler, kaldes det longitudinal deficiency. Endelig forekommer phocomelia, når kun en midterste del af et lem mangler; f.eks. når hænder eller fødder er direkte knyttet til kropsstammen. amnionrupturer kan være forårsaget af:
- teratogene lægemidler (f.eks. thalidomid, som forårsager fokomelia) eller miljøkemikalier
- ioniserende stråling (atomvåben, radiojod, strålebehandling)
- infektioner
- metabolisk ubalance
- traumer
Anbagt amputation er den mindst almindelige årsag til amputation, men det en undersøgelse offentliggjort i BMC Musculoskeletal Disorders fandt, at 21.1 ud af 10.000 babyer blev født med et manglende eller deformt lem mellem 1981 og 2010 i Nederlandene, og CDC anslår, at 4 ud af 10.000 babyer fødes i USA med reduktioner af øvre lemmer og 2 ud af 10.000 med reduktioner af nedre lemmer. I visse perioder i historien er der blevet dokumenteret en stigning i antallet af medfødte amputationer. Et eksempel omfatter thalidomid-tragedien, der fandt sted i 1960’erne, da gravide mødre fik et beroligende middel, der indeholdt det skadelige stof, hvilket gav en stigning i antallet af børn, der blev født uden lemmer.