La causa exacta de la amputación congénita es desconocida y puede deberse a varias causas. Sin embargo, la mayoría de los casos muestran que en los tres primeros meses del embarazo es cuando se producen la mayoría de los defectos congénitos porque es cuando los órganos del feto están empezando a formarse. Una de las causas más comunes es el síndrome de la banda amniótica, que se produce cuando la membrana interna del feto (amnios) se rompe sin dañar la membrana externa (corion). Las bandas fibrosas del amnios roto flotan en el líquido amniótico y pueden enredarse con el feto, reduciendo así el suministro de sangre a las extremidades en desarrollo hasta tal punto que éstas pueden quedar estranguladas; los tejidos mueren y son absorbidos por el líquido amniótico. A un bebé con amputación congénita le puede faltar una parte de una extremidad o toda la extremidad, lo que da lugar a la ausencia completa de una extremidad más allá de un punto determinado en el que sólo queda un muñón se conoce como deficiencia transversal o amelia. Cuando falta una parte concreta, se habla de deficiencia longitudinal. Por último, la focomelia se produce cuando sólo falta una porción media de una extremidad; por ejemplo, cuando las manos o los pies están directamente unidos al tronco del cuerpo.Las rupturas del amnios pueden ser causadas por:
- fármacos teratogénicos (por ejemplo talidomida, que causa focomelia), o productos químicos ambientales
- radiación ionizante (armas atómicas, radioyodo, radioterapia)
- infecciones
- desajuste metabólico
- traumatismos
La amputación congénita es la razón menos común de amputación, pero un estudio publicado en BMC Musculoskeletal Disorders encontró que 21.1 de cada 10.000 bebés nació con una extremidad faltante o deformada entre 1981 y 2010 en los Países Bajos, y los CDC estiman que 4 de cada 10.000 bebés nacen en los Estados Unidos con reducciones de las extremidades superiores y 2 de cada 10.000 con reducciones de las extremidades inferiores. En determinados periodos de la historia se ha documentado un aumento de las amputaciones congénitas. Un ejemplo es la tragedia de la talidomida ocurrida en la década de 1960, cuando se administró a las madres embarazadas un tranquilizante que contenía el dañino fármaco, lo que produjo un aumento de niños nacidos sin extremidades.