De nombreux aliments qui sont maintenant courants dans les épiceries sont d’abord entrés sur le marché à la fin du 19e siècle et au début du 20e siècle. Les efforts des premiers pionniers de la santé comme Paul Bragg, Sylvester Graham, John Harvey Kellogg, George Ohsawa, Ellen White et d’autres ont suscité un intérêt pour les aliments santé. Dès les années 1920 et 1930, des magasins d’aliments naturels ont commencé à ouvrir aux États-Unis et au Royaume-Uni, vendant des produits tels que la mélasse noire et la levure de bière.
Un des premiers magasins d’aliments naturels a été fondé par Thomas Martindale en 1869 sous le nom de « Thomas Martindale Company » à Oil City, en Pennsylvanie. En 1875, Thomas Martindale a déménagé le magasin à Philadelphie. Il est connu comme le plus ancien magasin d’aliments naturels des États-Unis et est toujours détenu par des propriétaires indépendants. La famille Martindale a fini par déménager le magasin à l’angle de la 10e et de la rue Filbert en 1920 et a été fortement influencée par le nouvel intérêt pour la santé et le bien-être dans les années 1930. Le magasin fabriquait son propre substitut de café à base de figues séchées appelé « Figco ». Des aliments sains étaient vendus à la cantine, et tous les produits de boulangerie étaient sucrés avec du miel ou du sirop d’érable. Finalement, le magasin a évolué vers ce qui est connu sous le nom de Martindale’s Natural Market qui existe toujours aujourd’hui.
En 1896, un nouveau bâtiment a été construit à Birmingham, en Angleterre, pour abriter le restaurant végétarien de James Henry Cook, l’un des premiers en Angleterre. En 1898, « The Pitman Vegetarian Hotel », nommé d’après le célèbre végétarien Sir Isaac Pitman, a ouvert sur le même site, et les propriétaires ont ensuite ouvert un magasin d’aliments naturels de longue date.
Frank A. Sawall, qui avait auparavant travaillé avec John Harvey Kellogg, a commencé à vendre des boissons minérales en poudre en faisant du porte-à-porte et à donner des conférences à travers les États-Unis sur les avantages des suppléments de vitamines et de minéraux, avant d’ouvrir Sawall Health Food Products, Inc, en 1936, le plus ancien magasin familial d’aliments naturels des États-Unis encore en activité aujourd’hui. Il a commencé par proposer des minéraux et des vitamines en poudre et a également vendu des aliments naturels et biologiques. Frank A. Sawall, bio-chimiste, était décrit comme « l’exceptionnel professeur de santé et nutritionniste de renommée nationale » dans les journaux des États-Unis. Il donne de nombreuses conférences dans le Midwest et sur la côte Est. Frank A. Sawall, développe ses magasins dans le Michigan, notamment à Detroit, Kalamazoo, Bay City, Grand Rapids et Lansing. Il crée la première chaîne de magasins d’aliments naturels aux États-Unis. Sawall Health Foods en est maintenant à sa cinquième génération de Sawall à la tête de l’entreprise. Sawall’s est le plus ancien marché d’aliments naturels appartenant à une famille aux États-Unis.
Le Proxmire Vitamin Bill de 1976 qui empêchait la FDA de définir les compléments alimentaires comme des « médicaments » a été salué comme une grande réussite dans l’industrie des aliments naturels à l’époque. Le sénateur William Proxmire était marié à Ellen Hodges Sawall.
Le magasin de New Westminster exploité par Health Food Research, a ouvert en 1954 dans la banlieue de Vancouver, en Colombie-Britannique. Fondé par Ella Birzneck, il s’inspire en partie des « boutiques de médecins » russes, qui proposent des médicaments, des herbes et des aliments spéciaux. L’un des premiers magasins indépendants d’aliments naturels en Grande-Bretagne a été ouvert par l’Aetherius Society au 767 Fulham Road, à Londres, en 1966. Son stock comprenait du miel, des noix et des graines, ainsi que des jus de fruits et du vinaigre de cidre.
Les magasins d’aliments naturels sont devenus beaucoup plus courants dans les années 1960 en lien avec le mouvement écologique et la contre-culture nouvellement émergents.
De nombreux magasins d’aliments naturels sont des coopératives appartenant aux travailleurs et des coopératives de consommateurs en raison notamment de la capacité du pouvoir d’achat des coopératives à faire baisser les coûts pour le consommateur et de la croissance de leur popularité pendant le mouvement de la contre-culture des années 1960 et 1970.
Au cours de la dernière décennie, les aliments naturels, et en particulier les aliments biologiques, sont entrés dans le courant dominant. Des entreprises telles que Whole Foods Market, une grande société multinationale, ont beaucoup profité et se sont développées de manière substantielle au cours de cette expansion.
.