Muchos de los alimentos que ahora son habituales en las tiendas de comestibles entraron por primera vez en el mercado a finales del siglo XIX y principios del XX. Los esfuerzos de los primeros pioneros de la salud, como Paul Bragg, Sylvester Graham, John Harvey Kellogg, George Ohsawa, Ellen White y otros, estimularon el interés por los alimentos saludables. Ya en las décadas de 1920 y 1930 empezaron a abrirse tiendas de alimentos saludables en Estados Unidos y el Reino Unido que vendían productos como melaza negra y levadura de cerveza.
Una de las primeras tiendas de alimentos saludables fue fundada por Thomas Martindale en 1869 con el nombre de «Thomas Martindale Company» en Oil City, Pennsylvania. En 1875 Thomas Martindale trasladó la tienda a Filadelfia. Es conocida como la tienda de alimentos saludables más antigua de Estados Unidos y sigue siendo de propiedad independiente. La familia Martindale acabó trasladando la tienda a la calle 10 y Filbert en 1920 y se vio muy influenciada por el nuevo interés por la salud y el bienestar en la década de 1930. La tienda fabricaba su propio sustituto del café hecho con higos secos, llamado «Figco». En la cafetería se vendían alimentos saludables y todos los productos horneados estaban endulzados con miel o jarabe de arce. Con el tiempo, la tienda evolucionó hasta convertirse en lo que se conoce como Martindale’s Natural Market, que sigue existiendo en la actualidad.
En 1896 se construyó un nuevo edificio en Birmingham, Inglaterra, para albergar el restaurante vegetariano de James Henry Cook, uno de los primeros de Inglaterra. En 1898, el «Hotel Vegetariano Pitman», llamado así por el famoso vegetariano Sir Isaac Pitman, abrió en el mismo lugar, y los propietarios abrieron posteriormente una tienda de alimentos saludables de larga duración.
Frank A. Sawall, que había trabajado anteriormente con John Harvey Kellogg, comenzó a vender bebidas minerales en polvo de puerta en puerta y a dar conferencias por todo Estados Unidos sobre los beneficios de los suplementos vitamínicos y minerales, antes de abrir Sawall Health Food Products, Inc, en 1936, la tienda de alimentos naturales de propiedad familiar más antigua de Estados Unidos que aún existe. Comenzó con minerales y vitaminas en polvo y también vendía alimentos naturales y orgánicos. Frank A. Sawall, bioquímico, fue descrito como «el profesor de salud más destacado de Estados Unidos y nutricionista conocido a nivel nacional» en periódicos de todo el país. Dio numerosas conferencias por todo el Medio Oeste y la Costa Este. Frank A. Sawall, expandió sus tiendas en Michigan, incluyendo Detroit, Kalamazoo, Bay City, Grand Rapids y Lansing. Creando la primera cadena de tiendas de alimentos saludables en los Estados Unidos. Sawall Health Foods está ahora en su quinta generación de Sawall’s dirigiendo el negocio. Sawall’s es el mercado de alimentos naturales de propiedad familiar más antiguo de los Estados Unidos.
El proyecto de ley de vitaminas Proxmire de 1976, que impidió que la FDA definiera los suplementos alimenticios como «medicamentos», fue aclamado como un gran logro en la industria de los alimentos saludables en ese momento. El senador William Proxmire estaba casado con Ellen Hodges Sawall.
La tienda de New Westminster, operada por Health Food Research, abrió sus puertas en 1954 en las afueras de Vancouver, Columbia Británica. Fue fundada por Ella Birzneck, y se basó en parte en las «tiendas de los médicos» rusos, que llevaban medicamentos, hierbas y alimentos especiales. Una de las primeras tiendas independientes de alimentos saludables en Gran Bretaña fue abierta por la Sociedad Aetherius en el 767 de Fulham Road, Londres, en 1966. Sus existencias incluían miel, frutos secos y semillas, así como zumos de frutas y vinagre de sidra.
Las tiendas de alimentos saludables se hicieron mucho más comunes en la década de 1960 en relación con el nuevo movimiento ecologista y la contracultura.
Muchas tiendas de alimentos saludables son cooperativas de trabajadores y cooperativas de consumidores, debido en parte a la capacidad del poder de compra de las cooperativas para abaratar los costes para el consumidor y al aumento de su popularidad durante el movimiento contracultural de los años 60 y 70.
En la última década, los alimentos saludables, y especialmente los orgánicos, han entrado en la corriente principal. Empresas como Whole Foods Market, una gran corporación multinacional, han obtenido grandes beneficios y han crecido sustancialmente durante esta expansión.