Die T-Zell-Zone (periarterioläre Hülle) und die B-Zell-Follikel enthalten diskrete Makrophagenpopulationen; über diese Makrophagenpopulationen ist jedoch in Bezug auf ihren Ursprung und ihre Lebensspanne nicht viel bekannt. Diese Makrophagen sind nicht nur in der Milz anzutreffen, sondern bilden einen integralen Bestandteil der lymphatischen Teile aller sekundären lymphatischen Organe.
In den B-Zell-Follikeln sind die Makrophagen wichtig für die Beseitigung der apoptotischen B-Zellen, die während der Keimzentrumsreaktion im Prozess der somatischen Hypermutation und des Isotypwechsels entstehen. B-Zellen, die keine geeigneten Rezeptoren bilden können, sterben an Apoptose und werden anschließend von den Makrophagen im Keimzentrum beseitigt. Bei intensiven Keimzentrumsreaktionen ist dieser Prozess aufgrund der Anwesenheit der großen Makrophagen im Keimzentrum, den so genannten Tingible Body-Makrophagen, offensichtlich. (Sie heißen so, weil ihre „tingible bodies“ kondensierte apoptotische Zellkerne darstellen). Damit die apoptotischen Zellen von den Makrophagen aufgenommen werden können, ist es wichtig, dass Phosphatidylserin auf der äußeren Oberfläche der apoptotischen Zellen exprimiert wird, das von mehreren Rezeptoren erkannt wird. Die greifbaren Körpermakrophagen exprimieren: Tyrosinkinase Mer, das Milchfettkügelchen epidermaler Wachstumsfaktor 8 und Tim-4, die alle die Aufnahme der apoptotischen Zellen in die Makrophagen unterstützen.
Makrophagen sind auch im T-Zell-Bereich des weißen Marks vorhanden, aber ihre Rolle ist weniger gut verstanden. Diese Makrophagenpopulation ist in allen anderen T-Zell-Zonen der sekundären lymphatischen Organe zu finden. Es ist möglich, dass diese Makrophagen Nachkommen von patrouillierenden Monozyten sind, die aus dem Blut in die weiße Pulpa gelangt sind. Da sie sich neben den T-Zellen befinden, wird vermutet, dass diese Makrophagen eine Rolle bei der Antigenpräsentation oder bei der Beseitigung sterbender Lymphozyten spielen.