Die Polizei begann die Suche nach Brian im Ugly Tuna, der Bar, in der er zuletzt gesehen worden war. Da die Gegend um das South Campus Gateway etwas vernachlässigt wurde und eine hohe Kriminalitätsrate aufwies, hatte die Bar Sicherheitskameras installiert. Sie überprüften das Filmmaterial, auf dem Brain, Florence und Reed zu sehen sind, wie sie um 1:15 Uhr eine Rolltreppe zum Vordereingang der Bar hinauffahren. Brian wurde gegen 1:55 Uhr, vierzig Minuten nach seinem Eintritt, vor der Bar gesehen, wo er kurz mit zwei jungen Frauen sprach und sich verabschiedete. Er verschwand aus dem Sucher der Kamera und ging zur Treppe, die zur Bar hinaufführte, offenbar um wieder hineinzugehen. Die Kamera zeichnete jedoch nicht auf, wie er die Bar kurz danach verließ.
Die Ermittler hielten es für möglich, dass er sich in der Bar umzog oder eine Mütze aufsetzte und mit gesenktem Kopf die Kamera umging und sein Gesicht verbarg. Die Ermittler vermuteten, dass er das Lokal durch eine andere Tür verlassen haben könnte. Diese Tür war jedoch nur für den Dienstgebrauch bestimmt und durfte außer in Notfällen nicht von der Öffentlichkeit benutzt werden. Der Bereich, zu dem der Ausgang dann führte, war eine Baustelle, die nach Ansicht der Beamten in normalem Zustand schwer zu durchqueren war, ganz zu schweigen von einem betrunkenen Zustand nach einer durchzechten Nacht.
Da Columbus die meisten Sicherheitskameras von allen Städten in Ohio hat, mehr als Cleveland, Cincinnati und Toledo zusammen, überprüften die Beamten die Aufnahmen anderer Bars, um zu sehen, ob diese Kameras erklären könnten, wie Brian die Bar verlassen hatte. Auf den Bildern der Kameras von drei anderen Bars in der Nähe war jedoch keine Spur von Brian zu sehen.
Die Suche weitete sich vom Ugly Tuna aus, wobei die Beamten, manchmal in Begleitung von Polizeihunden, die Straße genau unter die Lupe nahmen, Mülltonnen untersuchten und Anwohner fragten, ob sie ihn gesehen hatten. In der ganzen Stadt wurden Plakate und Seiten mit Brians Konterfei aufgehängt, wobei als Identitätsmerkmal eine Tätowierung auf seinem rechten Oberarm mit dem Symbol der Single Alive der Band Pearl Jam, deren Fan er war, angeführt wurde. Die Polizei überredete die Stadt sogar, sie in die Kanalisation eindringen zu lassen und dort zu suchen. Es wurden keine nützlichen Informationen aufgedeckt. In Brians Wohnung in der King Avenue war sein Fahrzeug noch immer vor der Tür geparkt. Und in der Wohnung schien alles in Ordnung zu sein.
Nachdem die Polizei meilenweit von der Bar entfernt in alle Richtungen gesucht hatte, begann sie, andere Möglichkeiten als einen Unfall oder ein falsches Spiel in Betracht zu ziehen. Da seine Mutter vor kurzem gestorben war, wurde vermutet, dass er vorübergehend weggegangen war, um in Einsamkeit zu trauern. Ihr Verschwinden erwies sich jedoch als dauerhaft. Es gab keine offensichtlichen Gründe für sein freiwilliges Verschwinden.
Diejenigen, die Brian in dieser Nacht gesehen hatten, einschließlich seines Vaters, wurden gebeten, Lügendetektortests zu machen. Reed und Randy Shaffer bestanden ihre Prüfung, wie alle anderen auch, während Florence sich weigerte. Die beiden Frauen, mit denen Brian zuletzt gesehen wurde, wurden später identifiziert. Sie sagten 2009 aus, dass sie nicht zu einem Lügendetektortest aufgefordert wurden.
Waggoner rief jeden Abend vor dem Schlafengehen Brians Telefon an, lange nach dem Verschwinden. Normalerweise hinterließ er Nachrichten auf dem Anrufbeantworter, aber eines Abends im September klingelte es dreimal. „Ich rief immer wieder an, um es mir anzuhören, einfach weil es einer der besten Sounds war, die ich je gehört hatte, auch wenn niemand abnahm“, schrieb er auf seiner MySpace-Seite. Cingular, Brians Mobilfunkanbieter, sagte, dass es sich bei dem, was Waggoner hörte, um eine Computerstörung gehandelt haben könnte. Ein Ping des Telefons wurde an einem Mobilfunkmast in Hilliard, 23 km nordwestlich von Columbus, entdeckt.
Die Polizei erhielt viele Hinweise, von denen keiner zu einem größeren Durchbruch in dem Fall führte. Bei einem Pearl Jam-Konzert in Cincinnati nahm sich Sänger Eddie Vedder zwischen den Liedern Zeit, um nach Hinweisen zu Brians Verschwinden zu fragen, aber auch diese waren nicht hilfreich. Mögliche Sichtungen in Michigan, Texas und sogar Schweden wurden untersucht.
Randy Shaffer setzte die Suche nach seinem Sohn auf eigene Faust fort. Ein Hellseher, den sie konsultierte, sagte ihr, dass Brians Leiche in der Nähe eines Brückenpfeilers im Wasser lag. Er und Brians Bruder Derek sowie andere Bürger, die sich für den Fall interessiert hatten, kauften Wathosen und verbrachten einen Großteil ihrer Freizeit am Ufer des Olentangy River, der durch Columbus fließt und an den Universitätscampus angrenzt, und suchten vergeblich nach der Leiche in der Nähe der Brücken. Diese Möglichkeit veranlasste die Polizei auch dazu, kurzzeitig die viel diskutierte Theorie eines Mordes durch den als Smiley Face bekannten Serienmörder in Betracht zu ziehen. Brian Shaffer wäre nach dieser Theorie das einzige Opfer des Mörders, dessen Leiche noch nicht gefunden wurde. Die Polizei von Columbus lehnte letztlich jede Verbindung zu dem mutmaßlichen Mörder in Brians Fall ab und folgte damit dem Beispiel der meisten Strafverfolgungsbehörden, einschließlich des FBI, die gegen ihn ermittelten.
Im September 2008 wurde Randy Shaffer, der sich im Hinterhof seines Hauses in Baltimore aufhielt, während eines schweren Sturms in Zentral-Ohio von einem Ast getötet, der durch die Wucht des Windes abbrach und ihn tödlich traf. Nachbarn fanden seine Leiche am nächsten Morgen und riefen die Polizei.
Nachdem sein Nachruf im Internet veröffentlicht worden war, wurde ein Kondolenzteil veröffentlicht. Eine der Unterschriften lautete „To Dad, with love, Brian“ und stammte von den US Virgin Islands. Dies deutet darauf hin, dass Brian Columbus möglicherweise verlassen hat, um anderswo ein neues Leben zu beginnen. Bei weiteren Nachforschungen stellte sich jedoch heraus, dass die Notiz von einem öffentlich zugänglichen Computer in Franklin County aus gepostet worden war und dass es sich nur um einen Scherz handelte.