Die Kritiker des Siegels der Stadt Southampton haben eine weitere bedeutende Diskrepanz im Bild der Pilger übersehen: Die Engländer, die Southampton beanspruchten, waren Puritaner und keine Pilger. Southampton wurde, wie Southold, East Hampton, Oyster Bay und Huntington, als Außenposten der Kolonie New Haven gegründet, die 1638 von den Puritanern John Davenport und Theophilus Eaton gegründet worden war. Obwohl die Pilger manchmal als extreme Puritaner bezeichnet wurden, weist ihre Geschichte in Amerika auf wesentliche Unterschiede zwischen den beiden Gruppen hin.
Pilger waren Separatisten, die sich zuerst 1620 in Plymouth, Massachusetts, niederließen und später Handelsposten am Kennebec River in Maine, auf Cape Cod und in der Nähe von Windsor, Connor, errichteten. Puritaner waren Nichtseparatisten, die sich 1630 der Auswanderung zur Gründung der Massachusetts Bay Colony anschlossen. Innerhalb von 10 Jahren besiedelten Puritaner den größten Teil von Massachusetts, Connecticut und Teile von Long Island.
Pilgrim-Separatisten lehnten die Kirche von England und die Überreste des Katholizismus ab, die die Kirche von England repräsentierte. Die puritanischen Nichtseparatisten waren zwar ebenso glühend in ihren religiösen Überzeugungen, setzten sich aber für die Reformation der Kirche von England und die Wiederherstellung der frühchristlichen Gesellschaft ein.
Die praktischen Erwägungen der Kolonisierung und die große Weite des Ozeans zwischen England und Amerika veränderten schließlich die Unterschiede zwischen Pilgern und Puritanern in der Neuen Welt. Im Jahr 1691 wurde Plymouth in die Massachusetts Bay Colony eingegliedert.