Der Begriff Morphologie in der Biologie bezieht sich auf Form, Struktur und Konfiguration eines Organismus und umfasst sowohl Aspekte der äußeren Erscheinung (Form, Struktur, Farbe, Muster) als auch die Form und Struktur der inneren Teile wie Knochen und Organe. Dies steht im Gegensatz zur Physiologie, die sich in erster Linie mit der Funktion beschäftigt.
Die Morphologie ist ein Zweig der Biowissenschaften, der sich mit der Untersuchung der groben Struktur eines Organismus oder Taxons und seiner Bestandteile befasst. Sie kann in zwei verschiedene Zweige unterteilt werden: die Anatomie ist die Lehre von der Struktur und den inneren Organen eines Organismus. Die Untersuchung des äußeren Erscheinungsbildes eines Organismus wird als Eidonomie bezeichnet, doch obwohl sie in der frühen Geschichte der Biologie vorherrschend war, wird sie heute kaum noch untersucht, da sie durch die Auswirkungen der konvergenten Evolution überholt ist. Sie liefert daher weniger neue Informationen über Organismen als die Anatomie, und daher wird das äußere Erscheinungsbild von Lebewesen in der Regel im Rahmen allgemeiner morphologischer Untersuchungen untersucht, z. B. im Rahmen der phylogenetischen Forschung.
Ebenfalls gebräuchlich ist der Begriff „Grobmorphologie“, der sich auf die herausragenden oder wichtigsten Aspekte der Morphologie eines Organismus oder Taxons bezieht. Eine Beschreibung der groben Morphologie eines Organismus würde zum Beispiel die Gesamtform, die Gesamtfarbe, die Hauptmerkmale usw. umfassen, nicht aber feinere Details.
Die meisten Taxa unterscheiden sich morphologisch von anderen Taxa. In der Regel unterscheiden sich nahe verwandte Taxa viel weniger als entfernter verwandte, aber es gibt auch Ausnahmen. Kryptische Arten sind Arten, die sehr ähnlich oder vielleicht sogar äußerlich identisch aussehen, aber reproduktiv isoliert sind. Umgekehrt erlangen manchmal nicht verwandte Taxa durch konvergente Evolution oder sogar durch Mimikry ein ähnliches Aussehen. Ein weiteres Problem, wenn man sich auf morphologische Daten verlässt, besteht darin, dass das, was morphologisch gesehen zwei verschiedene Arten zu sein scheinen, sich in Wirklichkeit durch DNA-Analysen als eine einzige Art herausstellen kann.