Die Epidermis eines Embryos, eines jungen oder halb ausgewachsenen Crocodilia enthält die Rete Malpighii: eine einzelne Schicht kurzer, zylindrischer Zellen. Über der Rete befinden sich etwas abgeflachte, scheibenförmige Zellen, die durch Querteilung der darunter liegenden Retezellen entstanden sind. Auf der Außenseite liegt die Epitrichialschicht, ein Mosaik aus polygonalen Zellen mit einem ovalen Zellkern in der Mitte. Zwischen den Epitrichialzellen befinden sich kleine ovale Löcher, die den Spaltöffnungen in der Epidermis von Pflanzengeweben nicht unähnlich sind. Bronn ist der Meinung, dass es sich dabei nicht um Artefakte handelt, aber er gibt keine Erklärung für ihr Auftreten.
Auf dem kurzen, zylindrischen Rete Malpighii sind Zellen abgeflacht, die allmählich sehr flach werden und ihre Kerne verlieren, wenn sie in die Hornschicht übergehen.
Das Stratum corneum besteht aus stark abgeflachten Zellen, in denen die Kerne nicht mehr deutlich zu sehen sind, obwohl ihre Lage normalerweise durch die Gruppen von Pigmentkörnern bestimmt werden kann. Auf den Zellen der oberflächlicheren Schichten des Stratum corneum befinden sich gerade, dunkle Linien, vielleicht auch Erhebungen, die durch den Druck der darüber oder darunter liegenden polygonalen Zellen entstanden sind. Die einzelnen Zellen der Hornschicht sind in der Bauch- und Halsregion, wo sie nie sehr dick werden, in der Regel leicht zu isolieren; am Rücken sind die Zellen dieser Schicht jedoch sehr zahlreich und verschmelzen miteinander zu den knöchernen Platten; hier ist die Rete die einzige deutlich differenzierte Schicht. Bronn ist sich nicht sicher, ob Stachelzellen in der Epidermis des Krokodils vorhanden sind, hält sie aber für wahrscheinlich.
Rathke wies darauf hin, dass auf der Oberfläche bestimmter Falten des Integuments, besonders in der Gegend der Kiefer, bei allen Crocodilia bestimmte kleine, verstreute, warzenartige Erhebungen zu finden sind, um die herum gewöhnlich eine schmale, flache, kreisförmige Rille verläuft; sie haben gewöhnlich eine dunkelbraune, manchmal aber auch eine graue oder sogar weiße Farbe. Die mikroskopische Untersuchung zeigt, dass diese Warzen epidermalen Ursprungs sind und aus hellen, runden Zellen bestehen, die eng miteinander verbunden sind, ohne sichtbare interzelluläre Substanz. Die Behandlung mit Kaliumhydroxid und anschließend mit Wasser zeigt manchmal, wenn auch nicht immer, feine körnige Kerne in den Zellen. Bei wahrscheinlich allen Mitgliedern der Gattung Crocodilus findet sich zumindest auf der rechten und linken Seite des Halses und des Rumpfes an der Schwellung eine kleine, flache Grube, die wie die Öffnung einer Integumentaldrüse aussieht. Die Gruben befinden sich auch in den Schuppen der Kehle, unter der Seite des Halses, an den Seiten des Körpers, an den Seiten- und Bauchflächen der vorderen Schwanzhälfte und an den Beinen. Sie befinden sich in der Nähe des hinteren Randes der Schuppen. Nur gelegentlich finden sich zwei Gruben in einer Schuppe. Diese Gruben sind bei den Gavialen zu finden, fehlen aber bei einigen, wahrscheinlich allen Alligatoren. Aus der Mitte einiger Gruben ragt ein kleiner Knubbel heraus. Diese Gruben sind keine Drüsenöffnungen, sondern haben ungefähr die gleiche Struktur wie die Gruben am Kopf.
Die Hautknochen der Crocodilia haben ihren Ursprung im Bindegewebe der Cutis. Untersuchungen an Jungtieren zeigen, dass diese Knochen ihren Ursprung meist in den unteren und mittleren Schichten der Cutis haben und im Allgemeinen zur Peripherie hin arbeiten.