Das Massaker von Glen Coe
Die Revolution in England war fast ohne Blutvergießen verlaufen, aber in Schottland und Irland gab es bewaffneten Widerstand. Dieser brach in Schottland 1689 zusammen, doch das Land blieb während der gesamten Regierungszeit Wilhelms unruhig und unbeständig. Im Jahr 1692 wurden Alexander MacDonald of Glen Coe und einige seiner Clanmitglieder kaltblütig ermordet, weil sie den Treueeid auf William nicht rechtzeitig geleistet hatten. William ordnete eine Untersuchung an, ergriff aber keine weiteren Maßnahmen, bis das schottische Parlament 1695 eine öffentliche Untersuchung forderte. Daraufhin zeigte er gegenüber den Tätern sträfliche Nachsicht und entließ lediglich Sir John Dalrymple, der schließlich für das Massaker verantwortlich gemacht wurde, aus seinem Amt als Sekretär. In Irland brach der Krieg offiziell 1689 aus, als James mit französischer Unterstützung dort landete. Doch die erfolgreiche Verteidigung von Londonderry und Enniskillen sowie Williams eigener Sieg in der Schlacht am Boyne am 1. Juli 1690 sicherten die Rückeroberung Irlands und gaben ihm die Möglichkeit, sich dem europäischen Kontinent zuzuwenden. Hier war Ludwig XIV. nach einer Reihe kleinerer Angriffe auf das Reich 1688 in die Pfalz eingefallen. Die Niederländer und der Kaiser schlossen den Vertrag von Wien (Mai 1689) und erklärten Ludwig den Krieg; in den folgenden 18 Monaten brachte Wilhelms seltenes diplomatisches Geschick Brandenburg, Hannover, Sachsen, Bayern, Savoyen und Spanien sowie England, das zum Dreh- und Angelpunkt des Bündnisses wurde, in das Bündnis ein.
Ab 1691 verbrachte Wilhelm viel Zeit mit Feldzügen auf dem Kontinent, die mehr oder weniger erfolgreich verliefen, doch 1696 ließen eine Reihe von Faktoren beide Seiten nach Frieden streben, und die Verträge von Rijswijk wurden 1697 unterzeichnet. Die für das europäische Machtgleichgewicht entscheidende Frage, wer die Nachfolge des kinderlosen Königs Karl II. von Spanien antreten sollte, blieb jedoch ungeklärt, und Wilhelm hatte guten Grund zu befürchten, dass der Frieden nicht mehr als ein Waffenstillstand sein würde. Das englische Parlament hingegen war davon überzeugt, dass er von Dauer sein würde, bestand auf einer Verkleinerung der Armee und wandte sich entschlossen von den Außenbeziehungen ab. In der Hoffnung, einen neuen Krieg zu verhindern, schloss Wilhelm zwei spanische Teilungsverträge (1698-99) mit Ludwig ab – Maßnahmen, die ihn in ernste Reibereien mit dem Parlament verwickelten. Doch als der spanische König am 1. November 1700 starb, nahm Ludwig unter Missachtung seiner Vereinbarungen die spanische Krone für seinen Enkel an und zeigte bald, dass er seine Pläne zur französischen Vergrößerung nicht aufgegeben hatte.
William, obwohl durch die englische Apathie behindert, machte sich daran, die Große Allianz wieder aufzubauen und seine beiden Länder auf den nun unvermeidlichen Konflikt vorzubereiten. Im September 1701 starb der im Exil lebende Jakob II., und Ludwig XIV. rief seinen Sohn entgegen seiner Vereinbarung in einem der Verträge von Rijswijk zum König von England aus und weckte damit die Begeisterung der Engländer für den Krieg. Wilhelm erlebte die Ausrufung des Krieges nicht mehr. Sein Gesundheitszustand hatte sich schon lange verschlechtert, und im März 1702 starb er. Seine Pläne für eine europäische Einigung wurden durch den Vertrag von Utrecht (1713) weitgehend verwirklicht. Sein Ideal, das er 30 Jahre lang hartnäckig verfolgte, war eine internationale Ordnung, in der keine einzelne Macht die anderen tyrannisieren konnte.