Wie Indien erlangte auch Pakistan im August 1947 die Unabhängigkeit als Dominion innerhalb des Commonwealth. Die Führer der Muslimliga lehnten jedoch Lord Mountbatten, den letzten britischen Vizekönig von Indien, als ersten Generalgouverneur oder Staatschef Pakistans ab – im Gegensatz zum Kongress, der ihn zum Chef der indischen Exekutive machte. Aus Sorge vor den britischen Machenschaften und in dem Wunsch, Jinnah – ihren „Großen Führer“ (Quaid-e Azam), einen Titel, den er vor der Unabhängigkeit erhalten hatte – zu belohnen, machten die Pakistaner ihn zu ihrem Generalgouverneur; sein Stellvertreter in der Partei, Liaquat Ali Khan, wurde zum Premierminister ernannt. Die erste pakistanische Regierung hatte jedoch eine schwierige Aufgabe vor sich. Im Gegensatz zu Muhammad Iqbals früherer Vision für Pakistan wurde das Land aus den beiden Regionen gebildet, in denen die Muslime in der Mehrheit waren – dem nordwestlichen Teil, für den er sich eingesetzt hatte, und den Territorien und der östlichen Region der Provinz Bengalen (die ihrerseits ebenfalls zwischen Indien und Pakistan aufgeteilt worden war). Die beiden Flügel Pakistans waren also durch rund 1.000 Meilen (1.600 km) souveränes indisches Territorium getrennt, und es gab keine einfachen Verbindungswege zwischen ihnen. Erschwert wurde die Arbeit der neuen pakistanischen Regierung auch durch die Erkenntnis, dass der Reichtum und die Ressourcen Britisch-Indiens an Indien abgetreten worden waren. Vor allem in den Monaten unmittelbar nach der Teilung hatte Pakistan kaum etwas anderes als rohen Enthusiasmus, um sich aufrechtzuerhalten. In der Tat schien das Überleben Pakistans auf dem Spiel zu stehen. Von allen gut organisierten Provinzen Britisch-Indiens kamen nur die vergleichsweise rückständigen Gebiete von Sind, Belutschistan und der Nordwestlichen Grenzprovinz unversehrt nach Pakistan. Die ansonsten besser entwickelten Provinzen Punjab und Bengalen wurden geteilt, und im Falle Bengalens erhielt Pakistan kaum mehr als das dicht besiedelte ländliche Hinterland.
Zu dem Dilemma der neuen und unerprobten pakistanischen Regierung kam die Krise in Kaschmir hinzu, die in der Zeit unmittelbar nach der Unabhängigkeit einen Krieg zwischen den beiden Nachbarstaaten auslöste. Sowohl Pakistan als auch Indien beabsichtigten, Kaschmir in ihre jeweiligen Unionen einzugliedern, und der ehemalige Fürstenstaat wurde schnell zu einem umstrittenen Gebiet – Indien und Pakistan kontrollierten Teile davon – und zu einem Brennpunkt für künftige Konflikte. Wirtschaftlich gesehen war die Lage in Pakistan verzweifelt: Die Materialien aus den indischen Fabriken waren von Pakistan abgeschnitten, was die karge Industrie, den Handel und die Landwirtschaft des neuen Landes beeinträchtigte. Außerdem hatten die Teilung und ihre Folgen die Flucht von Millionen von Flüchtlingen auf beiden Seiten der Trennungslinie verursacht, begleitet von schrecklichen Massakern. Der Exodus einer so großen Zahl verzweifelter Menschen in beide Richtungen erforderte eine dringende Reaktion, zu der keines der beiden Länder bereit war, am wenigsten Pakistan.
Als Folge des ungelösten Krieges in Kaschmir und des kommunalen Blutvergießens auf den Straßen beider Länder sahen Indien und Pakistan den jeweils anderen als ihren Todfeind an. Die Pakistaner hatten mit einer Aufteilung der materiellen, finanziellen und militärischen Ressourcen Indiens gerechnet. In Wirklichkeit würde es keine geben. Neu-Delhi hatte nicht die Absicht, das Vermögen Britisch-Indiens mit seinem Hauptgegner zu teilen und so ein Gleichgewicht zwischen den beiden Ländern herzustellen. Darüber hinaus bedeutete die überlegene geopolitische Position Indiens und vor allem seine Kontrolle über die lebenswichtigen Flüsse, die nach Pakistan flossen, dass die Wasserversorgung des muslimischen Landes von der Gnade seines größeren, feindlichen Nachbarn abhängig war. Die Lage Pakistans war nach der Unabhängigkeit so prekär, dass viele Beobachter glaubten, das Land könne kaum sechs Monate überleben, und dass Indiens Ziel eines geeinten Subkontinents eine klare Möglichkeit blieb.