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Eine funktionelle Störung ist ein medizinischer Zustand, der das normale Funktionieren von Körperprozessen beeinträchtigt und bei einer Untersuchung, Sezierung oder sogar unter dem Mikroskop weitgehend unentdeckt bleibt. Äußerlich ist keine Abnormität zu erkennen. Dies steht im Gegensatz zu einer strukturellen Störung (bei der ein Teil des Körpers als abnormal erkennbar ist) oder einer psychosomatischen Störung (bei der die Symptome durch eine psychologische oder psychiatrische Erkrankung verursacht werden). Die Definitionen variieren etwas zwischen den medizinischen Fachgebieten.
Im Allgemeinen ist der Mechanismus, der eine funktionelle Störung verursacht, unbekannt, schlecht verstanden oder gelegentlich für die Behandlung unwichtig. Oft wird angenommen, dass das Gehirn oder die Nerven beteiligt sind. Es ist üblich, dass eine Person mit einer Funktionsstörung auch andere Störungen hat.