Exkretion ist ein Prozess, bei dem Stoffwechselabfälle aus einem Organismus ausgeschieden werden. Bei Wirbeltieren geschieht dies vor allem über die Lunge, die Nieren und die Haut. Dies steht im Gegensatz zur Sekretion, bei der die Substanz nach dem Verlassen der Zelle bestimmte Aufgaben erfüllen kann. Die Ausscheidung ist ein wesentlicher Prozess in allen Lebensformen. Bei Säugetieren zum Beispiel wird der Urin durch die Harnröhre ausgeschieden, die Teil des Ausscheidungssystems ist. Bei einzelligen Organismen werden die Abfallprodukte direkt über die Zelloberfläche ausgeschieden.
Bei Lebensaktivitäten wie der Zellatmung finden im Körper mehrere chemische Reaktionen statt. Diese werden als Stoffwechsel bezeichnet. Bei diesen chemischen Reaktionen entstehen Abfallprodukte wie Kohlendioxid, Wasser, Salze, Harnstoff und Harnsäure. Eine Anhäufung dieser Abfallstoffe über ein bestimmtes Maß hinaus im Körper ist schädlich für den Organismus. Die Ausscheidungsorgane beseitigen diese Abfallstoffe. Dieser Prozess der Entfernung von Stoffwechselabfällen aus dem Körper wird als Ausscheidung bezeichnet.
Grüne Pflanzen produzieren Kohlendioxid und Wasser als Atmungsprodukte. In grünen Pflanzen wird das bei der Atmung freigesetzte Kohlendioxid bei der Photosynthese verwertet. Sauerstoff ist ein Nebenprodukt, das bei der Photosynthese entsteht und durch Spaltöffnungen, Wurzelzellwände und andere Wege austritt. Pflanzen können überschüssiges Wasser durch Transpiration und Guttation loswerden. Es hat sich gezeigt, dass das Blatt als „Ausscheidungsorgan“ fungiert und nicht nur ein primäres Organ der Photosynthese ist, sondern auch dazu dient, giftige Abfallstoffe durch Diffusion auszuscheiden. Andere Abfallstoffe, die von einigen Pflanzen ausgeschieden werden – Harz, Säfte, Milchsaft usw. – werden durch den hydrostatischen Druck im Inneren der Pflanze und durch die Absorptionskräfte der Pflanzenzellen aus dem Inneren der Pflanze herausgedrückt. Diese letzteren Prozesse benötigen keine zusätzliche Energie, sie wirken passiv. In der Phase vor dem Absterben ist der Stoffwechsel eines Blattes jedoch hoch. Pflanzen scheiden auch einige Abfallstoffe in den sie umgebenden Boden aus.
Bei Tieren sind die wichtigsten Ausscheidungsprodukte Kohlendioxid, Ammoniak (bei Ammoniotelikern), Harnstoff (bei Ureotelikern), Harnsäure (bei Uricotelikern), Guanin (bei Arachnida) und Kreatin. Leber und Nieren scheiden viele Stoffe aus dem Blut aus (z. B. bei der renalen Ausscheidung), und die ausgeschiedenen Stoffe werden dann mit dem Urin und den Fäkalien aus dem Körper ausgeschieden.
Wassertiere scheiden Ammoniak in der Regel direkt in die äußere Umgebung aus, da diese Verbindung eine hohe Löslichkeit aufweist und reichlich Wasser zur Verdünnung zur Verfügung steht. Bei Landtieren werden ammoniakähnliche Verbindungen in andere stickstoffhaltige Stoffe, z. B. Harnstoff, umgewandelt, die weniger schädlich sind, da in der Umgebung weniger Wasser vorhanden ist und Ammoniak selbst giftig ist. Dieser Prozess wird als Entgiftung bezeichnet.
Vögel scheiden ihre stickstoffhaltigen Abfälle als Harnsäure in Form einer Paste aus. Dieses Verfahren ist zwar stoffwechselaufwendiger, ermöglicht aber eine effizientere Wasserbindung und kann leichter im Ei gespeichert werden. Viele Vogelarten, insbesondere Seevögel, können Salz auch über spezialisierte nasale Salzdrüsen ausscheiden, wobei die Salzlösung durch die Nasenlöcher im Schnabel austritt.
In Insekten wird ein System mit Malpighischen Röhren zur Ausscheidung von Stoffwechselabfällen verwendet. Stoffwechselabfälle diffundieren oder werden aktiv in den Tubulus transportiert, der die Abfälle in den Darm befördert. Die Stoffwechselabfälle werden dann zusammen mit den Fäkalien aus dem Körper ausgeschieden.
Das ausgeschiedene Material kann als Ejecta bezeichnet werden. In der Pathologie ist der Begriff Ejekta gebräuchlicher.