Im Jahr 1947 wird Mary Lennox in ihrem Haus in Britisch-Indien verlassen aufgefunden, da ihre Eltern an der Cholera gestorben sind und sie in den Wirren der Teilung vergessen wurde. Mary wird zu ihrem Onkel, Lord Archibald Cravens Misselthwaite Manor in Yorkshire, England, geschickt. Sie ist ein unangenehmes, unfreundliches junges Mädchen, das seine eigenen Gefühle unterdrücken musste, während es im Raj aufwuchs.
Bei ihrer Ankunft lernt sie Mrs Medlock kennen, eine strenge und strenge Dame, die Lord Cravens Haushälterin ist. Mary wird angewiesen, das Haus nicht zu erkunden und muss sich nachts in ihrem Zimmer einschließen. Dort trifft sie auf Martha, eine Dienerin, die durch ihre Forderungen verunsichert ist.
Mary darf das Haus verlassen, um das Anwesen und den nahe gelegenen Wald zu erkunden, und stößt dabei auf einen streunenden Hund, den sie Jemima nennt. Später in der Nacht hört sie winzige Schreie und Wehklagen in den Korridoren, bis sie Lord Cravens bettlägerigen Sohn Colin Craven findet.
Am nächsten Tag trifft Mary Lord Craven in seinem Arbeitszimmer und er bittet sie, keinen Ärger zu machen. Mary setzt ihre Erkundungstour durch den Wald fort und findet einen versteckten Garten, indem sie auf eine Mauer klettert. Später, auf dem Heimweg, ruft sie nach Marthas Bruder Dickon, der im Nebel des Moors verschwindet. Später findet sie Jemimas Bein, das sich in einer Falle verfangen hat. Sie hilft Jemima und befreit sie aus der Falle, aber der Hund läuft in den Garten davon. Also erkundet Mary den Garten weiter.
Mary wird dann von einem Rotkehlchen zu einer Steinstatue im Garten geführt, die einen Schlüssel zum Garten in sich trägt. Sie verlässt den Garten, als Frau Medlock nach ihr ruft. Zurück auf dem Anwesen trifft sich Mary wieder mit Colin, der ihr von seinem Buckel und seiner Gehbehinderung erzählt. Sie erzählt ihm von dem Garten des Anwesens, aber Colin ist nicht interessiert. Als sie später herumschnüffelt, findet sie ein Zimmer mit Bildern von Marys Mutter und Grace Craven und nimmt ein Souvenir mit, eine Perlenkette.
Am nächsten Tag kehrt Mary in den Garten zurück und findet Dickon, der ihr anbietet, Jemima zu heilen. Dann bringt Mary Colin in seinem Rollstuhl zum ersten Mal in den Raum mit den Bildern und Kleidern seiner Mutter. Mary und Dickon hecken einen Plan aus, um Colin in den Garten zu bringen, in der Hoffnung, seine Unbeweglichkeit zu heilen. Doch bei ihrer Rückkehr stellt Mrs. Medlock Mary zur Rede, weil sie die Perlenkette gestohlen hat, und sie wird zur Strafe in ein Internat eingewiesen. Später, als sie in ihrem Zimmer eingesperrt ist, findet Mary in einem Schaukelpferd Briefe zwischen ihrer Mutter und ihrer Tante. Sie überredet Colin, sie zu lesen, und die drei lesen im Garten weiter Briefe.
Ein deprimierter und verwirrter Lord Craven zündet eine Kerze an und setzt den Schreibtisch in Brand. Am nächsten Morgen sind Mary, Dickon und Colin im Garten, als sie schwarzen Rauch aus dem Haus kommen sehen. Colin überredet Mary und Dickon, nach dem Rechten zu sehen. Als Mary das brennende Haus betritt, findet sie Mr. Craven vor, der verzweifelt nach seinem Sohn im Feuer sucht. Sie versucht vergeblich, ihn zur Flucht zu überreden, da sein Sohn draußen in Sicherheit ist, aber er sträubt sich, bis der Geist seiner Frau sie sicher hinausführt, als die Feuerwehr eintrifft. Ein besorgter Lord Craven und Mrs. Medlock gehen mit Mary und Dickon zu Colin in den geheimen Garten. Lord Craven staunt über die Beweglichkeit seines Sohnes, als sie ihre Beziehung wieder aufleben lassen.
Der Film endet damit, dass Lord Craven das Anwesen wieder aufbaut und Mary, Dickon und Colin sich im geheimen Garten vergnügen.