Udskillelse er en proces, hvor metabolisk affald fjernes fra en organisme. Hos hvirveldyr udføres dette primært af lungerne, nyrerne og huden. Dette er i modsætning til sekretion, hvor stoffet kan have specifikke opgaver efter at have forladt cellen. Udskillelse er en væsentlig proces i alle former for liv. Hos pattedyr udstødes urinen f.eks. gennem urinrøret, som er en del af udskillelsessystemet. I encellede organismer udledes affaldsprodukter direkte gennem cellens overflade.
Under livsaktiviteter som f.eks. celleåndedræt finder der flere kemiske reaktioner sted i kroppen. Disse er kendt som metabolisme. Disse kemiske reaktioner producerer affaldsprodukter som f.eks. kuldioxid, vand, salte, urinstof og urinsyre. Ophobning af disse affaldsstoffer over et vist niveau inde i kroppen er skadeligt for kroppen. Udskillelsesorganerne fjerner disse affaldsstoffer. Denne proces med fjernelse af metabolisk affald fra kroppen kaldes udskillelse.
Grønne planter producerer kuldioxid og vand som respirationsprodukter. I grønne planter bliver den kuldioxid, der frigives under respirationen, udnyttet under fotosyntesen. Ilt er et biprodukt, der dannes under fotosyntesen, og det kommer ud gennem spalteåbninger, rodcellevægge og andre veje. Planter kan slippe af med overskydende vand ved transpiration og guttation. Det er blevet påvist, at bladet fungerer som en “excretophore” og ud over at være et primært organ for fotosyntese også bruges som en metode til at udskille giftige affaldsstoffer via diffusion. Andre affaldsstoffer, som nogle planter udskiller – harpiks, saft, latex osv. – presses ud af plantens indre ved hjælp af hydrostatisk tryk inde i planten og ved hjælp af plantecellernes absorptive kræfter. Disse sidstnævnte processer kræver ikke tilført energi, de virker passivt. I fasen før afskæringen er bladets metaboliske niveau imidlertid højt. Planter udskiller også nogle affaldsstoffer i jorden omkring dem.
I dyr er de vigtigste udskillelsesprodukter kuldioxid, ammoniak (hos ammoniotelikere), urinstof (hos ureotelikere), urinsyre (hos uricotelikere), guanin (hos arachnida) og kreatin. Leveren og nyrerne renser mange stoffer fra blodet (f.eks. ved renal udskillelse), og de rene stoffer udskilles derefter fra kroppen i urinen og fæces.
Akvatiske dyr udskiller normalt ammoniak direkte til det ydre miljø, da denne forbindelse har høj opløselighed, og der er rigeligt vand til rådighed til fortynding. Hos landdyr omdannes ammoniaklignende forbindelser til andre kvælstofholdige stoffer, f.eks. urinstof, som er mindre skadelige, da der er mindre vand i miljøet, og ammoniak i sig selv er giftigt. Denne proces kaldes afgiftning.
Fugle udskiller deres kvælstofholdige affaldsstoffer som urinsyre i form af en pasta. Selv om denne proces er metabolisk dyrere, giver den en mere effektiv vandbinding, og det kan lettere lagres i ægget. Mange fuglearter, især havfugle, kan også udskille salt via specialiserede næsesaltkirtler, idet saltopløsningen forlader dem gennem næseborene i næbbet.
I insekter udnyttes et system med Malpighianske rør til at udskille metabolisk affald. Stofskifteaffald diffunderer eller transporteres aktivt ind i tubulus, som transporterer affaldsstofferne til tarmene. Det metaboliske affald frigives derefter fra kroppen sammen med afføring.
Det udskilte materiale kan kaldes ejecta. I patologien er ordet ejecta mere almindeligt anvendt.