Et skriftsystem, der teknisk set kaldes et manuskript eller en ortografi, består af et sæt synlige tegn, former eller strukturer kaldet tegn eller grafer, der er relateret til en eller anden struktur i det sproglige system. Groft sagt, hvis et tegn repræsenterer en betydningsfuld enhed, såsom et morfem eller et ord, kaldes ortografien et logografisk skriftsystem; hvis det repræsenterer en stavelse, kaldes det et syllabisk skriftsystem; hvis det repræsenterer et segment af en stavelse, kaldes det et konsonantalt skriftsystem eller en uvokaliseret syllabary; og hvis det repræsenterer et fonem, kaldes det et alfabetisk system. (Et fonetisk alfabet, som f.eks. det internationale fonetiske alfabet, der er udviklet af International Phonetic Association, er et alfabet, der er designet til at transskribere ethvert mundtligt sprog til en fælles skrift). Endelig kaldes et skriftsystem som Hangul, der er baseret på de artikulatoriske træk, der ligger til grund for fonemet (f.eks. stemmeføring og artikulationssted), for et skriftsystem baseret på funktioner. Disse relationer kan beskrives på følgende måde:
Mens der findes relativt rene eksempler på disse forskellige skrifttyper, kombinerer de fleste skriftsystemer, der er blevet anvendt til generelle formål, egenskaber fra mere end én type.
Billedlige tegn, som f.eks. informationsskiltene i en international lufthavn (i det omfang de rettelig kan kaldes skrift), kan kun bære eksplicitte sproglige budskaber på grund af det ekstremt begrænsede sæt af alternativer, som en læser skal vælge imellem. En sådan skrift er ikke særlig nyttig til at formidle nye budskaber, da der ikke findes nogen konvention til at afkode dem, og den kan derfor ikke være et generelt skriftsystem. Det kan dog tjene et begrænset sæt af formål effektivt.
Almene skriftsystemer analyserer alle den sproglige form i konstituenter af betydning eller lyd. Den kinesiske skrift er først og fremmest en logografisk skrift; hvert ord eller morfem repræsenteres af en enkelt graf eller et enkelt tegn. To ord, selv om de lyder nøjagtig ens, vil blive repræsenteret af helt forskellige tegn. Men da antallet af ord, der kan skelnes fra hinanden i et sprog, kan løbe op i titusinder (skrevet engelsk har et registreret ordforråd på mere end 500.000 ord), er antallet af logografiske tegn, der skal læres udenad, ekstremt stort.
Syllabier giver et særskilt symbol for hver særskilt stavelse. En stavelse er en taleenhed, der består af en vokallyd eller en kombination af konsonant- og vokallyd; lydene pa, pe, pi, po, pu er forskellige stavelser og kan let skelnes i et ord. Ordet papir har to stavelser, pa-per. Et syllabarium som Linear B, det mykenske skrift fra ca. 1400 fvt. ville have en graf for hver af disse stavelser. Stavelser er de enheder i sproget, der er lettest at skelne mellem; derfor er de tidligste lydbaserede, eller fonografiske, skriftsystemer stavelsesbaserede. Antallet af stavelser i et sprog er, selv om det varierer betydeligt fra sprog til sprog, altid ret stort; derfor kan det være nødvendigt med flere hundrede grafer for at lave et velfungerende syllabisk skriftsprog. Selv da er sådanne skriftsystemer langt fra eksplicitte, for en hvilken som helst række af stavelsesgrafer kan læses på en række forskellige måder. Læsningen af en sådan skrift vil være afhængig af læserens forudgående viden og evne til at arbejde ud fra konteksten, sammen med en del gætværk.
Konsonantale skriftsystemer repræsenterer, som navnet antyder, den konsonantale værdi af en stavelse, mens de ignorerer det vokaliske element. Et sådant system ville derfor repræsentere stavelserne pa, pe, pi, po, pu med et enkelt tegn. Sådanne skrifter har grafer for konsonantlyde, men ikke for vokallyde, med det resultat, at det kræver en vis grad af gætteri at afgøre, hvilken stavelse der er repræsenteret. Denne tvetydighed bør dog ikke understreges for meget. Når et konsonantalsystem anvendes til at repræsentere et sprog som engelsk, hvor vokaler differentierer rodmorfemer (på engelsk er pat, pet, pet, pit, pot, put alle forskellige morfemer), resulterer udeladelse af vokalen i et meget tvetydigt skriftligt udtryk, som kun kan forstås af en læser, der allerede har en god idé om indholdet af det skrevne budskab. Men i semitiske sprog som hebraisk og arabisk er fraværet af tegn, der repræsenterer vokaler, langt mindre alvorligt, fordi vokalforskelle i disse sprog generelt ikke adskiller morfemer fra hinanden. Vokalforskelle markerer bøjninger, som f.eks. tid og aspekt, der, selv om de har en vis betydning for repræsentationen af betydningen, både er lettere at genfinde ud fra konteksten og mindre tilbøjelige til at ændre den overordnede betydning. Den manglende opmærksomhed på den intime relation mellem sprogets morfofonemiske struktur og ortografitypen har fået nogle forskere til at undervurdere effektiviteten af konsonantale skriftsystemer og måske til at overvurdere alfabetets opfindelses centrale betydning for udviklingen af den vestlige kultur.
Alfabetiske skriftsystemer repræsenterer sprogets fonologiske struktur. Det mindste udtalbare segment af tale er en stavelse, men en stavelse kan analyseres i de særskilte underliggende bestanddele, der kaldes fonemer. Stavelsen pa frembringes ved at føre en luftsøjle gennem stemmebåndene, en handling, der udgør det vokale element, afgrænset i begyndelsen af en pludselig frigivelse af luft gennem læberne, en handling, der udgør det konsonantale element. Alfabetet har til formål at analysere stavelsen i dens underliggende konsonant- og vokalbestanddele. Økonomien i repræsentationen kommer af det faktum, at et stort antal stavelser kan genereres ud fra et lille sæt af disse bestanddele. Et alfabet bestående af 21 konsonanter og 5 vokaler kan generere 105 simple konsonant-og-vokal-stavelser og mere end 2 000 konsonant-vokal-konsonant-stavelser. Kort sagt kan et alfabet repræsentere en hel række fonologiske forskelle. Det er et skrift, der er særligt velegnet til at repræsentere et sprog, hvor morfologiske forskelle er markeret i fonologiske forskelle; det er mindre nyttigt til et sprog som kinesisk, hvor én stavelse repræsenterer et stort antal morfemer. For det kinesiske sprog er et logografisk system mere effektivt.
Featurale skriftsystemer udnytter det faktum, at selv fonemer ikke er de mest fundamentale enheder til analyse af tale. Fonemer kan snarere analyseres i sæt af karakteristiske træk. De fonemer, der repræsenteres af bogstaverne n og d, har det fælles træk, at tungen rører ved alveolærkammen over de øverste tænder. Faturale skriftsystemer analyserer de lyde, der beskrives som konsonanter og vokaler, i deres fælles og særprægede kendetegn. Eksempler på skriftsystemer, der i det mindste delvist anvender en featurel tilgang, er den koreanske Hangul-skrift, der ifølge traditionen blev skabt af kong Sejong i det 15. århundrede, og Pitman Shorthand, et system til hurtigskrivning, der blev opfundet i Storbritannien i det 19. århundrede. I Hangul fremstilles vokaler ved hjælp af lange horisontale eller vertikale linjer, der adskilles af små tegn, mens konsonanter fremstilles ved hjælp af todimensionale tegn, der antyder de involverede artikulationer: par af linjer, der repræsenterer sammenvoksede læber, tungen, der rører ved mundtaget, en åben hals og lignende. Da det fonologiske system er organiseret omkring et dusin af sådanne træk, kan et effektivt skrift konstrueres ud fra 24 grundgrafer. Desuden gør et sådant manuskript stavelser visuelt diskriminerbare ved at organisere dem i blokke for at lette hurtig læsning. Sådanne egenskaber fik den britiske sprogforsker Geoffrey Sampson til at sige:
Han’gul må, uanset om det i sidste ende er den bedste af alle tænkelige skrifter for koreansk eller ej, utvivlsomt rangere som en af menneskehedens store intellektuelle bedrifter.
Ingen ortografi er et rent system. Det tydeligste eksempel på logografisk skrift, kinesisk, består ikke kun af tegn, der repræsenterer betydninger, men også af sekundære tegn baseret på lydlighed til at repræsentere betydninger, der var vanskelige at forestille sig. Den er derfor afhængig af både ordbaserede og lydbaserede principper. På den anden side bruger alfabeter, som primært er lydbaserede, også faste bogstavstrenge til at repræsentere den samme betydningsmæssige enhed, selv om udtalen af denne enhed varierer i forskellige sammenhænge. Således er f.eks. den fælles stavemåde for roden foto bevaret i ordene fotografi og fotografering, selv om de udtales noget forskelligt. Omvendt giver alfabeterne ofte forskellige grafiske repræsentationer for homofoner (ord, der lyder identiske, men har forskellige betydninger) for at kunne skelne deres betydninger tydeligere, som i meat, meet, mete; pain, pane; be, bee. Den morfemiske enhed er så grundlæggende for læseprocessen, at nogle lingvister har konkluderet, at for at en ortografi skal være praktisk og effektiv, er det vigtigere at give en invariant visuel form for hver betydningsenhed end for hver lydeenhed.
Den udformning af et skriftsystem, der skal gøre det egnet til en bred vifte af kulturelle formål, krævede andre udviklinger end opfindelsen af et system af tegn til at repræsentere sproglig form. For at lette en hurtig og præcis genkendelse blev skriftformen forbedret ved at indføre mellemrum mellem ordene, udvikle konventioner for tegnsætning og afsnitsinddeling samt forenkle de grafiske former. Denne udvikling fortsatte gennem opfindelsen af trykning og opfindelsen af skrifttyper (se typografiens historie). Og for at udnytte skriftsystemets æstetiske egenskaber blev der udviklet kunstneriske skriftformer (se kalligrafi).