Kritikere af Southampton bys segl har overset en anden væsentlig uoverensstemmelse i billedet af pilgrimmen: De englændere, der gjorde krav på Southampton, var puritanere snarere end pilgrimme. Southampton blev ligesom Southold, East Hampton, Oyster Bay og Huntington etableret som en forpost i New Haven-kolonien, der blev grundlagt af puritanerne John Davenport og Theophilus Eaton i 1638. Selv om pilgrimme nogle gange er blevet beskrevet som ekstreme puritanere, viser deres historie i Amerika, at der er væsentlige forskelle mellem de to grupper.
Pilgrimme var separatister, der først bosatte sig i Plymouth, Mass. i 1620 og senere oprettede handelsposter ved Kennebec-floden i Maine, på Cape Cod og nær Windsor, Conn. Puritanere var ikke-separatister, som i 1630 sluttede sig til udvandringen for at etablere Massachusetts Bay Colony. I løbet af 10 år bosatte puritanerne sig i det meste af Massachusetts, Connecticut og områder af Long Island.
Pilgrim-separatister afviste Church of England og de rester af katolicismen, som Church of England repræsenterede. Puritanske ikke-separatister, der var lige så glødende i deres religiøse overbevisning, gik ind for en reformation af Church of England og en genoprettelse af det tidlige kristne samfund.
De praktiske overvejelser omkring kolonisering og den store udstrækning af havet mellem England og Amerika ændrede til sidst forskellene mellem pilgrimme og puritanere i den nye verden. I 1691 blev Plymouth indlemmet i Massachusetts Bay Colony.