NCBI tester en ny måde at finde og hente ortologer af hvirveldyrgener på. For at finde ortologer indtastes et gen-symbol (f.eks. RAG1) eller et gen-symbol kombineret med en taksonomisk gruppe (f.eks. primat RAG1). Vælg den matchende post i menuen med forslag, eller du kan vælge orthologs-muligheden (f.eks. Rag1 orthologs) for at se alle orthologs. Din søgning vil returnere et resultatlink til det sæt af ortologer, som NCBI’s Gene-ressource leverer. Klik på resultatlinket for at se oplysninger om den pågældende ortologgruppe (figur 1).
Figur 1. Søgning efter Rag1-ortologer, der viser linket til sættet af RAG1-gener fra hvirveldyr.
På ortologsiden (figur 2) kan du vælge transkript- eller proteinsekvenser til download eller alignering, bruge taxonomitræet til at forfine dine resultater og bore ned til artsniveau. Du finder mere detaljerede genoplysninger med links til BLAST og GDV, NCBI’s genombrowser. Du får også hurtig adgang til litteratur fra PubMed baseret på dit valg.
Figur 2. Sættet af RAG1-ortologer for vertebrater med kæbe med links til gen, referencesekvenser, download af sekvenser og alignment. Fanen Litteratur giver relevante PubMed-citater for de udvalgte ortologer. Taxonomy Tree giver dig mulighed for hurtigt at finde detaljerede resultater for en bestemt art som f.eks. rhesusabe.
Hvis du leder efter et sæt ortologer, så prøv dette, og lad os vide, hvad du synes. Hold øje med opdateringer!