Næsten alle cytokiner medierer biologiske aktiviteter enten direkte på immunceller eller på de adhæsionsmolekyler, som immuncellerne interagerer med, og kan derfor betragtes som pro-inflammatoriske. Flere cytokiner, herunder tumornekrosefaktor (TNF), interleukin (IL)-1, IL-6 og medlemmer af den lille cytokinfamilie, er i stand til at fremme det celleinfiltrat og den beskadigelse af det hjemmehørende væv, som er karakteristisk for inflammation. Der beskrives biologi og teknikker til analyse af disse cytokiner. Bioassays var de tidligste tilgængelige metoder til karakterisering af cytokiner. Selv om bioassays potentielt er mere følsomme end immunbaserede assays, kan de måske ikke skelne mellem cytokiner med krydsreagerende aktiviteter. Desuden kan bioassays være fejlagtigt negative i forbindelse med inhibitorer. Det er dog fortsat nyttigt at analysere cytokiner ud fra deres biologiske aktivitet. ELISA’er vil ikke kunne skelne biologisk aktive fra inaktive, men immunreaktive former af proteinerne. Da bioassays kun påviser funktionel aktivitet, kan de være nyttige til identifikation af cytokinantagonister i en reaktionsblanding. Den molekylære kloning af cytokin-cDNA’er og udviklingen af ekspressionsmetoder i stor skala har gjort praktisk talt ubegrænsede mængder af proteiner til rådighed til biologiske analyser. Rensede proteiner er også blevet anvendt til at udvikle immunbaserede analysemetoder som f.eks. ELISA’er til kvantificering af cytokiner. ELISA’er er den bedste og i mange tilfælde den eneste mekanisme til at skelne mellem cytokiner med betydelige overlappende biologiske aktiviteter. Isolering af cytokin-specifikke cDNA’er gør det muligt at anvende molekylære teknikker til at identificere cytokin-specifikke mRNA-transskriptioner. En yderst følsom teknik til påvisning af transkript er den RNA-baserede polymerasekædereaktion (RT-PCR). Biologiske analyser for IL-1, IL-6, IL-8 og TNF er velstandardiserede og er beskrevet her. De generelle teknikker til ELISA og RT-PCR er også beskrevet.