Begrebet morfologi i biologien henviser til form, struktur og konfiguration af en organisme.Dette omfatter aspekter af det ydre udseende (form, struktur, farve, mønster) såvel som formen og strukturen af de indre dele som knogler og organer. Dette står i modsætning til fysiologi, som primært beskæftiger sig med funktion.
Morfologi er en gren af biovidenskaben, der beskæftiger sig med studiet af den grove struktur af en organisme eller et taxon og dets bestanddele. Den kan underopdeles i to forskellige grene: anatomi er studiet af en organismes struktur og indre organer. Undersøgelsen af en organismes ydre udseende kaldes eidonomi, men selv om den var fremherskende tidligt i biologiens historie, er den ikke længere særlig velundersøgt, da den er moden med virkningerne af konvergent evolution. Det giver således mindre ny information om organismer end anatomi, og derfor studeres livsformers ydre udseende normalt som en del af generelle undersøgelser i morfologi, f.eks. i forbindelse med fylogenetisk forskning.
Det bruges også udtrykket “grov morfologi”, som henviser til de fremtrædende eller vigtigste aspekter af en organismes eller taxons morfologi. En beskrivelse af en organismes grov morfologi vil f.eks. omfatte dens overordnede form, overordnede farve, vigtigste aftegninger osv. men ikke finere detaljer.
De fleste taxa adskiller sig morfologisk fra andre taxa. Typisk adskiller nært beslægtede taxa sig meget mindre fra hinanden end mere fjernt beslægtede taxa, men der er undtagelser herfra. Kryptiske arter er arter, der ser meget ens ud, eller måske endda udadtil er identiske, men som er reproduktivt isolerede. Omvendt kan ubeslægtede taxa undertiden få et lignende udseende gennem konvergent udvikling eller endog gennem efterligning. Et andet problem ved at stole på morfologiske data er, at det, der morfologisk set kan se ud til at være to forskellige arter, i virkeligheden kan vise sig ved DNA-analyse at være en enkelt art.