Malaysia ligger i Sydøstasien og har et areal på 329.750 km2 og består af to ikke sammenhængende områder: Malaysia på halvøen Malaysia (tidligere Vestmalaysia) på det asiatiske fastland og delstaterne Sarawak og Sabah, der tilsammen kaldes Østmalaysia, på øen Borneo. Til sammenligning er det område, som Malaysia dækker, lidt større end staten New Mexico. Malaysias halvø, der rager sydpå fra det asiatiske fastland, har et areal på 131 587 km2 og strækker sig over 748 km SSE-NNV og 322 km ENE-VSW . Det grænser mod nord til Thailand, mod øst til Det Sydkinesiske Hav, mod syd til Johore-strædet og mod vest til Malacca-strædet og Andamanhavet, med en samlet længde på 2 068 km (1 285 mi). Sarawak, der dækker et areal på 124 449 km2 på Borneos nordvestkyst, strækker sig over 679 km NNE-SSW og 254 km ØST-VNW . Det er afgrænset af Brunei i N , Sabah i NØ , Indonesien i Ø og S og det Sydkinesiske Hav i V . Sarawaks samlede grænselængde er 2 621 km (1 629 mi). Sabah ligger i den nordlige ende af Borneo og har et areal på 74 398 km2 med en længde på 412 km Ø-V og en bredde på 328 km N – S . Mod N ligger Balabacstrædet, mod NØ Suluhavet, mod SØ Celebeshavet, mod SØ Indonesien, mod SV Sarawak og mod V det Sydkinesiske Hav med en samlet grænselængde på 2 008 km (1 248 mi). Malaysias samlede grænselængde er 7 344 km (4 563 mi), hvoraf 4 675 km (2 905 mi) er kystlinje.
Malaysia gør krav på flere atoller i Spratly-øgruppen i Det Sydkinesiske Hav. Kravet, i et område, hvor der er mistanke om olie, bestrides af Kina, Filippinerne, Taiwan og Vietnam. Malaysias hovedstad, Kuala Lumpur, ligger i den vestlige del af halvøen Malaysia.