Massakren i Glen Coe
Revolutionen i England var blevet gennemført næsten uden blodsudgydelser, men i Skotland og Irland var der væbnet modstand. Denne brød sammen i Skotland i 1689, men landet forblev uroligt og uroligt under hele Vilhelms regeringstid. I 1692 blev Alexander MacDonald af Glen Coe og nogle af hans klanfolk koldblodigt myrdet for at have været for sent ude med at aflægge troskabsed til Vilhelm. William beordrede en undersøgelse, men foretog sig ikke yderligere, før det skotske parlament i 1695 krævede en offentlig undersøgelse. Han udviste herefter skyldig mildhed over for gerningsmændene, idet han blot afskedigede Sir John Dalrymple fra sit sekretærembede, på hvem ansvaret for massakren endelig blev placeret. I Irland brød krigen formelt ud i 1689, da James gik i land der med fransk støtte. Men det vellykkede forsvar af Londonderry og Enniskillen og Williams egen sejr i slaget ved Boyne den 1. juli 1690 sikrede generobringen af Irland og gjorde ham fri til at vende sin opmærksomhed mod det europæiske kontinent. Her havde Ludvig XIV efter en række mindre angreb på imperiet invaderet Palatinat i 1688. Hollænderne og kejseren indgik Wien-traktaten (maj 1689) og erklærede Ludvig krig; i løbet af de næste 18 måneder fik Vilhelms sjældne diplomatiske dygtighed Brandenburg, Hannover, Sachsen, Bayern, Savoyen og Spanien samt England, som blev alliancens omdrejningspunkt, med i alliancen.
Fra 1691 brugte Vilhelm meget tid på at føre kampagne på kontinentet med varierende succes, men i 1696 gjorde en række faktorer begge parter ivrig efter fred, og traktaterne i Rijswijk blev underskrevet i 1697. Spørgsmålet om, hvem der skulle efterfølge den barnløse kong Karl II af Spanien, som var afgørende for den europæiske magtbalance, var dog fortsat uafklaret, og Vilhelm havde god grund til at frygte, at freden ikke ville blive mere end en våbenhvile. Det engelske parlament var tværtimod overbevist om, at freden ville blive varig, insisterede på at reducere hærens størrelse og vendte resolut ryggen til udenrigsanliggender. I håb om at afværge en ny krig indgik Vilhelm to spanske delingstraktater (1698-99) med Ludvig – foranstaltninger, der involverede ham i alvorlige gnidninger med parlamentet. Men da den spanske konge døde den 1. november 1700, ignorerede Ludvig sine aftaler og accepterede Spaniens krone til sit barnebarn og viste snart, at han ikke havde opgivet sine planer om fransk forøgelse.
William, selv om han blev hæmmet af engelsk apati, satte sig for at genopbygge den store alliance og forberede sine to lande på den nu uundgåelige konflikt. I september 1701 døde den i eksil værende Jakob II, og Ludvig XIV udråbte sin søn til konge af England, i strid med sin aftale i en af Rijswijk-traktaterne, og vakte dermed englændernes begejstring for krig. Vilhelm levede ikke for at se denne krig blive erklæret. Hans helbred havde længe været forringet, og i marts 1702 døde han. Hans planer om en europæisk løsning blev i vid udstrækning gennemført med traktaten i Utrecht (1713). Hans ideal, som han havde forfulgt ihærdigt i 30 år, var en international orden, hvor ingen enkelt magt var i stand til at tyrannisere de øvrige.