AssistenttrænerRediger
Mora blev ansat som træner for kvalitetskontrol hos San Diego Chargers i 1985 og avancerede til træner for sekundærspillerne i 1989. I 1992 gik han til New Orleans Saints for at blive træner under sin far, cheftræner Jim E. Mora. I 1997 skiftede den yngre Mora til San Francisco 49ers for at træne under Steve Mariucci, og i 1999 blev han 49ers’ defensive koordinator.
Atlanta FalconsRediger
I 2004 blev Mora ansat af Atlanta Falcons som deres cheftræner med en femårig kontrakt til 7,5 millioner dollars. Han førte Falcons til en rekord på 11-5 og en første runde i slutspillet. Atlanta var vært for og besejrede St. Louis Rams med 47-17 i divisionsrunden og gik videre til NFC Championship Game, hvor de tabte 27-10 på udebane til Philadelphia Eagles.
I 2005 blev det 8-8 for Falcons, og Mora karakteriserede sæsonen som et “skuffende år”. Denne ikke-vindende sæson fortsatte en af NFL’s mærkeligste rekorder – Falcons havde aldrig haft to vindende sæsoner i træk i franchisens historie, en 40-årig statistisk mærkværdighed, som intet andet moderne professionelt hold har matchet. Denne rekord ophørte i 2009. Under en returkamp i NFC Championship 2004 mod Philadelphia Eagles blev Mora set lugte til ammoniakkapsler på sidelinjen under en Monday Night Football-transmission. John Madden bemærkede, at nogle trænere bruger kapslerne under kampene, selv om de for det meste er til spillernes brug. Efter sæsonen 2005 underskrev Mora en treårig kontraktforlængelse med Falcons, som garanterede de sidste to år af hans oprindelige femårige kontrakt, og tilføjede et sjette år i 2009.
De nationale medier og Falcons-fansene havde store forventninger i 2006, men de faldt til en 7-9-rekord. Atlanta tabte de sidste tre kampe, heraf to på hjemmebane, og missede slutspillet for andet år i træk. Den 14. december, mens Falcons statistisk set stadig var i live i deres søgen efter slutspillet, sagde Mora under et radiointerview med Dave “Softy” Mahler og den tidligere Huskies-holdkammerat/samlever Hugh Millen på sports-talk-radiostationen KJR-AM i Seattle, at hvis det blev tilbudt, ville han tage cheftrænerjobbet på University of Washington (et job, der ikke var ledigt), “selv hvis vi var i et slutspil”. Selv om Mora senere hævdede, at han kun lavede sjov, blev han kritiseret af mange Falcons-fans samt medlemmer af de nationale medier, der hævdede, at det var uansvarligt at komme med sådanne kommentarer. Holdets ejer Arthur Blank udtrykte offentligt sin misbilligelse af Mora’s kommentarer.
Efter sæsonen meddelte Atlanta Falcons, at de havde fyret Mora. Arthur Blank udtalte til medierne:
Dette var en ekstremt vanskelig beslutning for os. Vi havde de største forhåbninger og ambitioner om et langt forløb med Jim som træner, men vi føler, at denne beslutning er i vores franchise’s bedste langsigtede interesse på lang sigt. Jeg har stor respekt for Jims passion for spillet, og vi ønsker Jim og hans familie alt det bedste.
Mora vendte sig mod tv-transmission efter at være blevet fyret fra Falcons, da han blev bidragyder til NBC’s dækning af slutspillet.
Seattle SeahawksRediger
Seattle Seahawks ansatte Mora som assisterende cheftræner og defensiv backs coach den 21. januar 2007. Efter 2007-sæsonen interviewede Mora til jobbet som cheftræner for Washington Redskins, efter at Joe Gibbs havde sagt op, men Mora takkede nej til stillingen for at blive hos Seahawks. Mora blev annonceret som efterfølger for Mike Holmgren før 2008-sæsonen og underskrev en femårig kontrakt frem til 2012-sæsonen, anslået til 4 millioner dollars om året.
Mora blev officielt udnævnt til den syvende cheftræner i franchisens historie i 2009, da Holmgren gik på pension efter 2008-sæsonen. Hans første officielle pressekonference som ny Seahawks-cheftræner blev holdt den 13. januar 2009, hvor han entusiastisk delte sin vision om at bringe et Super Bowl-mesterskab til Seattle og holde en mesterskabsparade fra Space Needle til ‘Hawks’ stadion, Qwest Field.
Efter at være gået 5-11 i sin eneste sæson som Seahawks-cheftræner blev Mora fyret den 8. januar 2010, med tre år og 12 millioner dollars tilbage af sin kontrakt. Mora blev erstattet af den tidligere USC-cheftræner Pete Carroll.
UCLARediger
Den 10. december 2011 meddelte UCLA Bruins, at de havde ansat Mora som cheftræner og erstattede den tidligere Rick Neuheisel. Mora underskrev en femårig kontrakt på 12 millioner dollars plus incitamenter. Han gik straks i gang med arbejdet som cheftræner ved at ansætte Adrian Klemm, Steve Broussard, Demetrice Martin og Eric Yarber som assistenttrænere. Mindre end to måneder senere kom resultaterne tidligt, da UCLA fik en rekrutteringsklasse som nummer 12 i 2012 efter at have haft en klasse, der var rangeret i de høje 40’ere ved Rick Neuheisels afgang. I hans første sæson som cheftræner blev UCLA-holdet i 2012 9-5, herunder en sejr over rivalen USC med 38-28 og en sejr over Pac-12 South-titlen for andet år i træk. Blandt de mest markante spillere det år var den nye quarterback Brett Hundley, NFL’s første runde af et draftvalg til defensive end Datone Jones og UCLA’s bedste rusher nogensinde, Johnathan Franklin. Mora byggede videre på holdets succes og fik den 11. rangordnede rekrutteringsklasse i 2013, UCLA’s højest rangerede rekrutteringsklasse i de sidste to årtier. I løbet af 2013-sæsonen sluttede Mora og Bruins 10-3 med bemærkelsesværdige sejre over Nebraska (41-21) og USC (35-14), der er nr. 23 på ranglisten, samt en Sun Bowl-sejr mod Virginia Tech (42-12). I 2014 førte han UCLA til deres niende sæson med 10 sejre i skolens historie og kun tredje gang i deres historie, at de har vundet 10 kampe i træk.
På grund af sin succes i UCLA blev Mora bejlet af sin alma mater, University of Washington, for at besætte deres ledige cheftrænerstilling. I sin tid som cheftræner for Atlanta Falcons beskrev Mora i sjov stillingen på University of Washington som sit “drømmejob”. Mora takkede dog nej til et berygtet tilbud og forlængede sin kontrakt med UCLA med yderligere seks år, idet han udtalte, at han til sidst “forhåbentlig vil trække sig tilbage” som cheftræner for UCLA. Få uger senere bekræftede Mora på ny sin hensigt om at forblive UCLA’s cheftræner i fodbold ved at takke nej til et berygtet tilbud om cheftrænerposten ved University of Texas. I 2014 tjente Mora næsten 3,5 millioner dollars, hvilket er en stigning på 44 procent i forhold til de 2,4 millioner dollars, han tjente i 2013, hvilket gjorde ham til den bedst betalte medarbejder i staten Californien fra det år.
Jim Mora blev fyret den 19. november 2017, en dag efter UCLA’s tredje nederlag i træk til rivalen USC i samme by. Efter at være gået 29-11 gennem de første 3 sæsoner, var han 17-19 i de sidste 3 sæsoner.